アスパラギン酸の一文字表記・三文字表記・コドン（Asp, D）

タンパク質配列では、一文字表記がよく使われます。この表記では D がアスパラギン酸を表します。三文字表記の Asp は、構造注釈、変異表記、授業資料で読みやすい表記です。

RNAコドンとアミノ酸の一文字表記・三文字表記は別のものです。RNAコドンは翻訳で読まれる3塩基の単位で、アミノ酸表記はタンパク質配列の省略記号です。標準遺伝暗号では、GAU、GAC がアスパラギン酸に対応します。

アスパラギン酸アミノ酸はここでは酸性アミノ酸に分類しています。このラベルは側鎖の性質をすばやく確認するための目安で、すべての化学的挙動を完全に説明するものではありません。

アスパラギン酸は、帯電した側鎖がタンパク質表面の性質、塩橋、局所的な相互作用に関わるため確認されます。具体的な影響は、タンパク質中の位置、隣接する残基、pH、溶媒への露出、全体の折りたたみ状態によって変わります。

タンパク質配列では、アスパラギン酸は通常アミノ酸残基として扱われます。残基とは、そのアミノ酸がペプチド鎖に組み込まれ、ペプチド結合形成で対応する原子を失った状態を指します。配列表記の一文字表記 D と三文字表記 Asp は、この残基を示す記号です。

このページに示す分子量は遊離アミノ酸の分子量です。タンパク質の質量計算では、ペプチド結合形成で水が失われるため、残基質量を使うことがあります。

一文字表記 D をDNA/RNAの塩基と混同しないでください。これはアミノ酸の記号であり、コドン中のヌクレオチドではありません。

コドンを読むときは読み枠を確認する必要があります。ある読み枠でアスパラギン酸を指定する3塩基でも、別の読み枠では同じ意味になりません。遺伝子設計では、アミノ酸の対応を確認したうえで、生物種ごとのコドン使用頻度も確認します。