リシンの一文字表記・三文字表記・コドン（Lys, K）

タンパク質配列では、一文字表記がよく使われます。この表記では K がリシンを表します。三文字表記の Lys は、構造注釈、変異表記、授業資料で読みやすい表記です。

RNAコドンとアミノ酸の一文字表記・三文字表記は別のものです。RNAコドンは翻訳で読まれる3塩基の単位で、アミノ酸表記はタンパク質配列の省略記号です。標準遺伝暗号では、AAA、AAG がリシンに対応します。

リシンアミノ酸はここでは塩基性アミノ酸に分類しています。このラベルは側鎖の性質をすばやく確認するための目安で、すべての化学的挙動を完全に説明するものではありません。

リシンは、帯電した側鎖がタンパク質表面の性質、塩橋、局所的な相互作用に関わるため確認されます。具体的な影響は、タンパク質中の位置、隣接する残基、pH、溶媒への露出、全体の折りたたみ状態によって変わります。

タンパク質配列では、リシンは通常アミノ酸残基として扱われます。残基とは、そのアミノ酸がペプチド鎖に組み込まれ、ペプチド結合形成で対応する原子を失った状態を指します。配列表記の一文字表記 K と三文字表記 Lys は、この残基を示す記号です。

このページに示す分子量は遊離アミノ酸の分子量です。タンパク質の質量計算では、ペプチド結合形成で水が失われるため、残基質量を使うことがあります。

一文字表記 K をDNA/RNAの塩基と混同しないでください。これはアミノ酸の記号であり、コドン中のヌクレオチドではありません。

コドンを読むときは読み枠を確認する必要があります。ある読み枠でリシンを指定する3塩基でも、別の読み枠では同じ意味になりません。遺伝子設計では、アミノ酸の対応を確認したうえで、生物種ごとのコドン使用頻度も確認します。