コドン表の読み方

コドン表は、3塩基のRNAコドンがどのアミノ酸、開始シグナル、終止シグナルに対応するかを確認するための表です。遺伝暗号表、遺伝コード表、codon table と呼ばれることもあります。

まずRNA表記かDNA表記かを確認する

多くのコドン表はRNA表記で書かれています。RNAではUを使い、DNAではTを使います。

DNA配列を貼り付けて翻訳したい場合は、DNAからタンパク質への翻訳ツールを使うと読み枠ごとに確認できます。

コドンは第1塩基、第2塩基、第3塩基の順に読みます。表形式のコドン表では、左側、上側、右側のラベルをたどって目的の3文字を探します。

たとえばAUGを読む場合は、A、U、Gの順にたどります。標準遺伝暗号ではAUGはメチオニンを指定し、開始位置では開始コドンとして働きます。

標準遺伝暗号で代表的な開始コドンはAUGです。AUGはメチオニンを指定しますが、配列中のすべてのAUGが翻訳開始位置になるわけではありません。開始位置として働くには、周辺配列や注釈上の文脈が必要です。

終止コドンはUAA、UAG、UGAです。これらは通常アミノ酸を指定せず、翻訳を終了させます。

同じアミノ酸を指定する複数のコドンを同義コドンと呼びます。たとえばグリシンはGGU、GGC、GGA、GGGで指定されます。

同義コドンは同じアミノ酸を指定しますが、生物種や遺伝子によって使われやすさが異なることがあります。コドン表は「何を指定するか」を見る表であり、「どれくらい使われるか」を見るにはコドン使用頻度の情報が必要です。

まずはコドン表で全体を確認し、個別のコドンは各詳細ページで意味を確認してください。