開始コドン AUG の読み方

AUGは標準遺伝暗号でメチオニンを指定するRNAコドンです。同時に、適切な開始位置では翻訳開始を示す開始コドンとして働きます。

この2つの意味を分けて考えると、配列を読み間違えにくくなります。

AUGはメチオニンを指定する

翻訳中の読み枠内でAUGが読まれると、通常はメチオニンがタンパク質に加わります。タンパク質配列ではメチオニンは三文字表記でMet、一文字表記でMと書きます。

コード鎖DNAではAUGに対応する表記はATGです。DNA配列でATGを見た場合、mRNAではAUGとして読まれます。

AUGはいつ開始コドンになるのか

AUGが開始コドンとして働くのは、翻訳開始位置として認識される文脈にある場合です。配列中にAUGが複数あっても、すべてが新しいタンパク質の開始位置になるわけではありません。

真核生物では周辺配列の文脈、原核生物ではリボソーム結合部位などが開始位置の判断に関わります。実際の注釈では、ORF、転写産物、実験的根拠も合わせて確認します。

GUGやUUGが開始候補になる場合

一部の生物や遺伝子では、GUGやUUGが開始候補として扱われることがあります。ただし、読み枠の途中にあるGUGやUUGは通常それぞれバリン、ロイシンを指定します。

開始コドンかどうかは、コドン単体ではなく開始位置としての文脈で判断します。

配列確認時の実用的な見方

1. DNA表記かRNA表記かを確認する
2. 開始位置と読み枠を確認する
3. AUGをメチオニンとして読む
4. 開始位置にあるAUGだけを開始コドンとして扱う

長い配列を扱う場合は、DNA翻訳ツールで読み枠ごとに確認すると、開始位置と終止位置を追いやすくなります。