遺伝暗号の縮重とは

遺伝暗号の縮重とは、複数のコドンが同じアミノ酸を指定する性質です。64種類のコドンに対して標準アミノ酸は20種類なので、多くのアミノ酸は2個以上のコドンに対応しています。

たとえばグリシンはGGU、GGC、GGA、GGGの4種類で指定されます。

同義コドンとは

同じアミノ酸を指定する複数のコドンを同義コドンと呼びます。

同義コドンは、タンパク質のアミノ酸配列を変えずにDNAやmRNAの配列だけが変わる場合を考えるときに重要です。

縮重は、コドンの3番目の塩基で特によく見られます。たとえばGCU、GCC、GCA、GCGはいずれもアラニンを指定します。

このような位置では、塩基置換が起きてもアミノ酸が変わらないことがあります。これを同義置換と呼びます。

同じアミノ酸を指定できるコドンが複数あっても、生物種や遺伝子によって使われやすいコドンは異なります。これがコドン使用頻度です。

発現ベクターや合成遺伝子を設計するときは、アミノ酸配列だけでなく、宿主で使われやすい同義コドンを確認することがあります。コドン使用頻度計算ツールでは、入力配列中のコドン頻度を確認できます。