コドン使用頻度計算
コード領域のDNAまたはRNA配列を貼り付けると、各コドンの出現数、1000コドンあたりの頻度、同義コドン内の割合、GC3、選択した発現宿主で低頻度になりやすいコドンを確認できます。
DNAまたはRNAのコード配列を解析
FASTAまたは生の配列を貼り付けます。選択した読み枠でコドンを数え、宿主のコドン使用頻度表と比較します。
有効塩基
60
集計コドン
20
GC含有率
51.67%
GC3
75.00%
終止コドン
1
終止コドンは表と集計に含まれます。
よく使われたコドン
入力配列内で出現数が多いコドンです。
CUG
Leucine
5 数
25.00%
AAA
Lysine
3 数
15.00%
GAC
Aspartic Acid
3 数
15.00%
GUG
Valine
2 数
10.00%
ACC
Threonine
1 数
5.00%
AUG
Methionine
1 数
5.00%
GAA
Glutamic Acid
1 数
5.00%
GCC
Alanine
1 数
5.00%
宿主で低頻度のコドン
Escherichia coliと比較して低頻度になりやすいコドンです。
表示する行がありません。
未使用のセンスコドン
この配列に出現しなかったアミノ酸指定コドンです。
AAC
Asparagine
0 数
0.00%
AAG
Lysine
0 数
0.00%
AAU
Asparagine
0 数
0.00%
ACA
Threonine
0 数
0.00%
ACG
Threonine
0 数
0.00%
ACU
Threonine
0 数
0.00%
AGA
Arginine
0 数
0.00%
AGC
Serine
0 数
0.00%
コドン使用頻度表
Percentは集計コドン全体に占める割合、Fractionは同じアミノ酸を指定する同義コドン内での割合です。
| コドン | DNA | アミノ酸 | 数 | 割合 | /1000 | 同義割合 | 宿主割合 | 状態 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CUG | CTG | Leucine (L) | 5 | 25.00% | 250.00 | 1.000 | 0.470 | OK |
| AAA | AAA | Lysine (K) | 3 | 15.00% | 150.00 | 1.000 | 0.740 | OK |
| GAC | GAC | Aspartic Acid (D) | 3 | 15.00% | 150.00 | 1.000 | 0.370 | OK |
| GUG | GTG | Valine (V) | 2 | 10.00% | 100.00 | 1.000 | 0.350 | OK |
| ACC | ACC | Threonine (T) | 1 | 5.00% | 50.00 | 1.000 | 0.400 | OK |
| AUG | ATG | Methionine (M) | 1 | 5.00% | 50.00 | 1.000 | 1.000 | OK |
| GAA | GAA | Glutamic Acid (E) | 1 | 5.00% | 50.00 | 1.000 | 0.680 | OK |
| GCC | GCC | Alanine (A) | 1 | 5.00% | 50.00 | 1.000 | 0.260 | OK |
| GGC | GGC | Glycine (G) | 1 | 5.00% | 50.00 | 1.000 | 0.370 | OK |
| UAA | TAA | Stop (*) | 1 | 5.00% | 50.00 | 1.000 | 0.610 | OK |
| UUC | TTC | Phenylalanine (F) | 1 | 5.00% | 50.00 | 1.000 | 0.420 | OK |
| AAC | AAC | Asparagine (N) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.510 | 未使用 |
| AAG | AAG | Lysine (K) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.260 | 未使用 |
| AAU | AAT | Asparagine (N) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.490 | 未使用 |
| ACA | ACA | Threonine (T) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.170 | 未使用 |
| ACG | ACG | Threonine (T) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.250 | 未使用 |
| ACU | ACT | Threonine (T) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.190 | 未使用 |
| AGA | AGA | Arginine (R) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.070 | 未使用 |
| AGC | AGC | Serine (S) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.250 | 未使用 |
| AGG | AGG | Arginine (R) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.040 | 未使用 |
| AGU | AGT | Serine (S) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.160 | 未使用 |
| AUA | ATA | Isoleucine (I) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.110 | 未使用 |
| AUC | ATC | Isoleucine (I) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.390 | 未使用 |
| AUU | ATT | Isoleucine (I) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.490 | 未使用 |
| CAA | CAA | Glutamine (Q) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.340 | 未使用 |
| CAC | CAC | Histidine (H) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.430 | 未使用 |
| CAG | CAG | Glutamine (Q) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.660 | 未使用 |
| CAU | CAT | Histidine (H) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.570 | 未使用 |
| CCA | CCA | Proline (P) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.200 | 未使用 |
| CCC | CCC | Proline (P) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.130 | 未使用 |
| CCG | CCG | Proline (P) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.490 | 未使用 |
| CCU | CCT | Proline (P) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.180 | 未使用 |
| CGA | CGA | Arginine (R) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.070 | 未使用 |
| CGC | CGC | Arginine (R) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.360 | 未使用 |
| CGG | CGG | Arginine (R) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.110 | 未使用 |
| CGU | CGT | Arginine (R) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.360 | 未使用 |
| CUA | CTA | Leucine (L) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.040 | 未使用 |
| CUC | CTC | Leucine (L) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.100 | 未使用 |
| CUU | CTT | Leucine (L) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.120 | 未使用 |
| GAG | GAG | Glutamic Acid (E) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.320 | 未使用 |
| GAU | GAT | Aspartic Acid (D) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.630 | 未使用 |
| GCA | GCA | Alanine (A) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.230 | 未使用 |
| GCG | GCG | Alanine (A) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.330 | 未使用 |
| GCU | GCT | Alanine (A) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.180 | 未使用 |
| GGA | GGA | Glycine (G) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.130 | 未使用 |
| GGG | GGG | Glycine (G) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.150 | 未使用 |
| GGU | GGT | Glycine (G) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.350 | 未使用 |
| GUA | GTA | Valine (V) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.170 | 未使用 |
| GUC | GTC | Valine (V) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.200 | 未使用 |
| GUU | GTT | Valine (V) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.280 | 未使用 |
| UAC | TAC | Tyrosine (Y) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.410 | 未使用 |
| UAG | TAG | Stop (*) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.090 | 未使用 |
| UAU | TAT | Tyrosine (Y) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.590 | 未使用 |
| UCA | TCA | Serine (S) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.140 | 未使用 |
| UCC | TCC | Serine (S) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.150 | 未使用 |
| UCG | TCG | Serine (S) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.140 | 未使用 |
| UCU | TCT | Serine (S) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.170 | 未使用 |
| UGA | TGA | Stop (*) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.300 | 未使用 |
| UGC | TGC | Cysteine (C) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.540 | 未使用 |
| UGG | TGG | Tryptophan (W) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 1.000 | 未使用 |
| UGU | TGT | Cysteine (C) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.460 | 未使用 |
| UUA | TTA | Leucine (L) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.140 | 未使用 |
| UUG | TTG | Leucine (L) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.130 | 未使用 |
| UUU | TTT | Phenylalanine (F) | 0 | 0.00% | 0.00 | 0.000 | 0.580 | 未使用 |
コドン使用頻度計算の使い方
できるだけ完全なコード配列を貼り付けてください。FASTAヘッダーは自動で無視され、DNAのTは内部でRNAのUに変換されます。末尾の余った塩基は表示されますが、コドン数には含めません。
CDSに合う読み枠を選んでください。読み枠がずれると、生物学的には正しい配列でも終止コドンや不自然な使用頻度が見えることがあります。
発現宿主と比較したい場合は参照宿主を選びます。rareやlowの表示は宿主側の同義コドン内割合に基づく目安であり、最適化指示ではなく確認用のシグナルとして扱ってください。