在线序列分析工具合集
汇集分子生物学与基因组学核心在线工具：从序列相似性比对 (BLAST)、多序列比对 (MUSCLE, Clustal) 到开放读码框识别与物理化学性质测定。搭配本站纯客户端无延迟的原生序列翻译器。
CodonTable 原生序列转换与分析工具
零等待、无需排队，直接在浏览器端完成 DNA/RNA 转换、六阅读框翻译与反密码子配对：
DNA to Protein Converter
DNA to RNA Converter
RNA to Protein Converter
Codon to Anticodon Converter
Sequence Translator
Reverse Complement
在线序列比对与理化特性分析服务
由 NCBI、EMBL-EBI、SIB 等权威机构维护的经典在线分析平台：
NCBI BLAST
by NCBI / NIH
The gold-standard Basic Local Alignment Search Tool. Finds regions of local sequence similarity across nucleotide and protein databases with BLASTn, BLASTp, BLASTx, and tBLASTn.
NCBI Primer-BLAST
by NCBI / NIH
Automated PCR primer design server integrating Primer3 with whole-genome BLAST specificity checks to avoid non-specific amplification across transcriptomes and genomes.
Clustal Omega
by EMBL-EBI
High-performance multiple sequence alignment (MSA) server by EMBL-EBI utilizing mBed guide trees and profile-profile Hidden Markov Model (HMM) algorithms.
MUSCLE
by Robert C. Edgar / EMBL-EBI
Renowned multiple sequence alignment tool achieving superior benchmark accuracy and rapid execution for large nucleotide and protein datasets.
T-Coffee
by Centre for Genomic Regulation (CRG) / EBI
Consistency-based multiple sequence alignment package combining pairwise global and local alignments, structural templates, and high-accuracy progressive algorithms.
UCSC In-Silico PCR
by UCSC Genome Browser Group
Instant genome-wide electronic PCR simulator mapping primer pairs against reference genomes (Human, Mouse, Rat, etc.) to detect amplicon sizes, introns, and genomic loci.
NCBI ORFfinder
by NCBI / NIH
Interactive open reading frame finder identifying all candidate protein-coding segments in DNA sequences using standard or non-standard genetic codes.
CodonTable Sequence Translator
by CodonTable (In-House)
Instant client-side 6-frame translation tool translating nucleotide sequences to protein sequences across forward and reverse-complement frames with open reading frame visualization.
如何选择合适的序列分析工具？
1. 序列相似性与同源检索
当你有一段未知的 DNA 或蛋白质，想要在全公共数据库中查找相似物种或基因家族时，首选 NCBI BLAST。
2. 多序列比对与系统发育
若需要比对多条同源基因寻找保守结构域或构建进化树，中大规模选择 MUSCLE 或 Clustal Omega；高精度需求选择 T-Coffee。
3. PCR引物设计与特异性
设计高特异性引物首选 NCBI Primer-BLAST；在全基因组尺度模拟引物扩增条带与排查非特异结合使用 UCSC In-Silico PCR。
4. 蛋白质理化与跨膜性质
计算理论等电点 (pI)、分子量 (MW) 使用 ProtParam；预测跨膜螺旋使用 TMHMM；预测分泌信号肽使用 SignalP。
常见问题与解答 (FAQ)
什么是最佳的在线多序列比对 (MSA) 工具？
对于大多数常规中等规模序列（<500条），MUSCLE 和 Clustal Omega 是首选工具，兼顾高准确率与较快计算速度。如果对一致性质量要求极高，推荐使用 T-Coffee。
如何在线进行 DNA/RNA 翻译并检查阅读框？
如果需要瞬时免登录、可在客户端直接进行多套遗传密码表与阅读框切换的翻译，推荐使用本站原生的 Sequence Translator 或 ExPASy Translate。
NCBI BLAST 应该选择哪种程序？
核酸比对核酸数据库选择 BLASTn；蛋白质比对蛋白质数据库选择 BLASTp；核酸按六框翻译比对蛋白质数据库选择 BLASTx。