コドン使用頻度表
生物種ごとのコドン頻度、同義コドン内の比率、アミノ酸ごとに使われやすいコドンを比較できます。
頻度は1,000コドンあたりの出現数です。比率は、同じアミノ酸を指定する同義コドンの中で、そのコドンがどの程度使われるかを示します。データはCUTG（Kazusa DNA Research Institute）などのゲノムデータベースに基づいています。
生物種と表示形式
生物種、DNA/RNA表記、並び順を切り替えて、下のコドン使用頻度表を確認できます。
頻度が高いコドン
選択した生物種で、1,000コドンあたりの出現頻度が高いコドンです。
CTG
アミノ酸: L
比率 0.47
頻度 48.4
GAA
アミノ酸: E
比率 0.68
頻度 39.1
AAA
アミノ酸: K
比率 0.74
頻度 35.3
GAT
アミノ酸: D
比率 0.63
頻度 32.7
GCG
アミノ酸: A
比率 0.33
頻度 30.1
ATT
アミノ酸: I
比率 0.49
頻度 29.8
CAG
アミノ酸: Q
比率 0.66
頻度 28.4
GGC
アミノ酸: G
比率 0.37
頻度 27.1
同義コドン内で比率が高いコドン
同じアミノ酸を指定するコドンの中で、比率が高いものを表示します。終止コドンと単一コドンのアミノ酸は除外しています。
AAA
アミノ酸: K
比率 0.74
頻度 35.3
GAA
アミノ酸: E
比率 0.68
頻度 39.1
CAG
アミノ酸: Q
比率 0.66
頻度 28.4
GAT
アミノ酸: D
比率 0.63
頻度 32.7
TAT
アミノ酸: Y
比率 0.59
頻度 17.5
TTT
アミノ酸: F
比率 0.58
頻度 22.1
CAT
アミノ酸: H
比率 0.57
頻度 12.5
TGC
アミノ酸: C
比率 0.54
頻度 6.1
アミノ酸ごとの代表的な使用コドン
各アミノ酸で使われやすいコドンを、頻度の高い順に表示します。
CTG
アミノ酸: L
比率 0.47
頻度 48.4
GAA
アミノ酸: E
比率 0.68
頻度 39.1
AAA
アミノ酸: K
比率 0.74
頻度 35.3
GAT
アミノ酸: D
比率 0.63
頻度 32.7
GCG
アミノ酸: A
比率 0.33
頻度 30.1
ATT
アミノ酸: I
比率 0.49
頻度 29.8
CAG
アミノ酸: Q
比率 0.66
頻度 28.4
GGC
アミノ酸: G
比率 0.37
頻度 27.1
大腸菌 Escherichia coli (E. coli): (遺伝暗号表: 標準)
遺伝暗号表の順に並べた、印刷しやすい2列表示です。頻度は1,000コドンあたりの値です。
| コドン | アミノ酸 | 比率 | 頻度/1000コドン | 件数 | コドン | アミノ酸 | 比率 | 頻度/1000コドン | 件数 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
TTT TTC TTA TTG | F F L L | 0.58 0.42 0.14 0.13 | 22.1 16.0 14.3 13.0 | 80,995 58,774 52,382 47,500 | TCT TCC TCA TCG | S S S S | 0.17 0.15 0.14 0.14 | 10.4 9.1 8.9 8.5 | 38,027 33,430 32,715 31,146 |
TAT TAC TAA TAG | Y Y * * | 0.59 0.41 0.61 0.09 | 17.5 12.2 2.0 0.3 | 63,937 44,631 7,356 989 | TGT TGC TGA TGG | C C * W | 0.46 0.54 0.30 1.00 | 5.2 6.1 1.0 13.9 | 19,138 22,188 3,623 50,991 |
CTT CTC CTA CTG | L L L L | 0.12 0.10 0.04 0.47 | 11.9 10.2 4.2 48.4 | 43,449 37,347 15,409 177,210 | CCT CCC CCA CCG | P P P P | 0.18 0.13 0.20 0.49 | 7.5 5.4 8.6 20.9 | 27,340 19,666 31,534 76,644 |
CAT CAC CAA CAG | H H Q Q | 0.57 0.43 0.34 0.66 | 12.5 9.3 14.6 28.4 | 45,879 34,078 53,394 104,171 | CGT CGC CGA CGG | R R R R | 0.36 0.36 0.07 0.11 | 20.0 19.7 3.8 5.9 | 73,197 72,212 13,844 21,552 |
ATT ATC ATA ATG | I I I M | 0.49 0.39 0.11 1.00 | 29.8 23.7 6.8 26.4 | 109,072 86,796 24,984 96,695 | ACT ACC ACA ACG | T T T T | 0.19 0.40 0.17 0.25 | 10.3 22.0 9.3 13.7 | 37,842 80,547 33,910 50,269 |
AAT AAC AAA AAG | N N K K | 0.49 0.51 0.74 0.26 | 20.6 21.4 35.3 12.4 | 75,436 78,443 129,137 45,459 | AGT AGC AGA AGG | S S R R | 0.16 0.25 0.07 0.04 | 9.9 15.2 3.6 2.1 | 36,097 55,551 13,152 7,607 |
GTT GTC GTA GTG | V V V V | 0.28 0.20 0.17 0.35 | 19.8 14.3 11.6 24.4 | 72,584 52,439 42,420 89,265 | GCT GCC GCA GCG | A A A A | 0.18 0.26 0.23 0.33 | 17.1 24.2 21.2 30.1 | 62,479 88,721 77,547 110,308 |
GAT GAC GAA GAG | D D E E | 0.63 0.37 0.68 0.32 | 32.7 19.2 39.1 18.7 | 119,939 70,394 143,353 68,609 | GGT GGC GGA GGG | G G G G | 0.35 0.37 0.13 0.15 | 25.5 27.1 9.5 11.3 | 93,325 99,390 34,799 41,277 |
大腸菌 Escherichia coli (E. coli) の 64 件を表示しています。
頻度は1,000コドンあたりの値です。比率は、同じアミノ酸を指定する同義コドン内での割合です。
コドン使用頻度表の使い方
まず生物種を選択し、上部のカードで頻度が高いコドン、同義コドン内で比率が高いコドン、アミノ酸ごとの使われやすいコドンを確認します。
特定のコドンやアミノ酸を探すときは検索欄を使います。頻度、比率、件数で並び替えると、生物種ごとのコドン使用傾向を比較しやすくなります。
コドン使用頻度は、次のような場面で確認されます。
- 異種宿主での遺伝子発現を検討するとき。
- 同義コドン置換やコドンバイアスを確認するとき。
- 生物種間の配列傾向や進化的な違いを見るとき。
データの見方と注意
この表は大規模なゲノムデータベース由来のコドン使用データをもとにしています。主な参照元はKazusa DNA Research Instituteが提供する Codon Usage Tabulated from GenBank (CUTG) です。
コドン使用頻度は、対象生物、遺伝子セット、解析データベースによって値が変わります。発現設計では、この表だけで結論を出さず、実際の宿主、ベクター、発現条件も合わせて確認してください。
入力配列そのものの頻度を調べたい場合は、コドン使用頻度計算ツールを使えます。