オンライン配列解析・アライメントツール集
分子生物学・ゲノム科学の主要Webサーバーを網羅：相同性検索 (BLAST)、多重整列 (MUSCLE, Clustal Omega)、ORF検出からタンパク質物性計算まで。完全ブラウザ完結の高速配列翻訳ツールも併載。
CodonTable 内蔵配列変換・解析ツール
サーバー待ち時間ゼロ、プライバシー保護の完全クライアント処理で、DNA/RNA変換・6フレーム翻訳・逆相補鎖取得を実行：
DNA to Protein Converter
DNA to RNA Converter
RNA to Protein Converter
Sequence Translator
Codon vs Anticodon
Reverse Complement
オンライン配列アライメント＆タンパク質物性解析
NCBI、EMBL-EBI、SIB等の世界的公的機関が運用する標準オンライン解析環境：
NCBI BLAST
by NCBI / NIH
The gold-standard Basic Local Alignment Search Tool. Finds regions of local sequence similarity across nucleotide and protein databases with BLASTn, BLASTp, BLASTx, and tBLASTn.
NCBI Primer-BLAST
by NCBI / NIH
Automated PCR primer design server integrating Primer3 with whole-genome BLAST specificity checks to avoid non-specific amplification across transcriptomes and genomes.
Clustal Omega
by EMBL-EBI
High-performance multiple sequence alignment (MSA) server by EMBL-EBI utilizing mBed guide trees and profile-profile Hidden Markov Model (HMM) algorithms.
MUSCLE
by Robert C. Edgar / EMBL-EBI
Renowned multiple sequence alignment tool achieving superior benchmark accuracy and rapid execution for large nucleotide and protein datasets.
T-Coffee
by Centre for Genomic Regulation (CRG) / EBI
Consistency-based multiple sequence alignment package combining pairwise global and local alignments, structural templates, and high-accuracy progressive algorithms.
UCSC In-Silico PCR
by UCSC Genome Browser Group
Instant genome-wide electronic PCR simulator mapping primer pairs against reference genomes (Human, Mouse, Rat, etc.) to detect amplicon sizes, introns, and genomic loci.
NCBI ORFfinder
by NCBI / NIH
Interactive open reading frame finder identifying all candidate protein-coding segments in DNA sequences using standard or non-standard genetic codes.
CodonTable Sequence Translator
by CodonTable (In-House)
Instant client-side 6-frame translation tool translating nucleotide sequences to protein sequences across forward and reverse-complement frames with open reading frame visualization.
用途に応じた配列解析ツールの選び方
1. 相同性検索・ホモロジー探索
未知のDNAやタンパク質配列から相同遺伝子やファミリーを国際DBから検索する場合、NCBI BLASTが第一選択となります。
2. 多重配列アライメント (MSA)
複数相同配列の保存ドメイン特定や系統樹作成には、MUSCLEやClustal Omegaが標準です。モチーフ精度を追求する場合はT-Coffeeを推奨。
3. PCRプライマー設計と特異性
高特異的なプライマー設計にはNCBI Primer-BLAST、ゲノム全体での非特異的増幅検証にはUCSC In-Silico PCRを活用します。
4. タンパク質物性・膜貫通予測
等電点 (pI) や分子量 (MW) 計算にはProtParam、膜貫通領域予測にはTMHMM、分泌シグナルペプチド予測にはSignalPを使用します。
よくある質問 (FAQ)
最適なオンライン多重配列アライメント (MSA) ツールはどれですか？
一般的な配列セット（500配列未満）では、MUSCLE と Clustal Omega が精度と計算速度のバランスに優れ、第一候補となります。保存モチーフの整合性を重視する場合は T-Coffee が適しています。
DNA/RNA 配列をオンラインで迅速に全読み枠翻訳するには？
ブラウザ上で即座に実行でき、複数の遺伝暗号表や6フレーム（+1/+2/+3, -1/-2/-3）を切り替えられる本サイトの Sequence Translator や ExPASy Translate がおすすめです。
NCBI BLAST の検索プログラムはどのように選べばよいですか？
塩基配列同士の検索には BLASTn、アミノ酸配列同士には BLASTp、塩基配列を6フレーム翻訳してタンパク質DBを検索する場合は BLASTx、タンパク質クエリで翻訳塩基DBを検索する場合は tBLASTn を選択します。