GC含有率計算ツール
DNA/RNA配列のGC%、配列長、塩基組成を計算します。
DNA配列のGC%計算
A/T/G/Cの数、GC含有率、配列長、逆相補鎖を計算します。
使い方
- DNA配列をそのまま、またはFASTA形式で入力欄に貼り付けます。
- 「DNA配列を解析」を押すと、配列長、GC含有率、塩基数が表示されます。
- 予想と違う値になる場合は、A/T/G/C以外の文字や余分な注釈を確認してください。
- 必要に応じて、逆相補鎖やDNAからタンパク質への翻訳ツールも確認できます。
GC含有率とは
GC含有率（GC%）は、配列中のG（グアニン）とC（シトシン）が占める割合です。PCR、プライマー設計、ゲノム領域の比較、配列品質の確認などでよく使われます。
- GC%が高い配列は二本鎖が安定しやすい傾向があります。
- GC%はPCRのアニーリングや増幅効率に影響することがあります。
- 生物種やゲノム領域によってGC%の分布は異なります。
GC含有率の読み方
DNA配列のGC%を見る理由
GC%を見ると、配列の塩基組成や安定性の目安をすばやく確認できます。短いプライマー、PCR産物、遺伝子領域などを比較するときは、まず配列長とGC%を一緒に確認すると解釈しやすくなります。
GC%とPCRの関係
GCが多い配列は融解温度が高くなりやすく、二次構造を作る場合もあります。PCRで増幅しにくい領域を調べるときは、GC含有率と配列の偏りを確認してから条件を見直すと効率的です。
高GC配列の目安
一般的には60%を超えるGC%は高めと見なされることが多いです。ただし、適切な範囲は生物種、解析対象、実験条件によって変わります。数値だけで判断せず、配列の用途とあわせて確認してください。
入力できる配列
生のDNA配列とFASTA形式を入力できます。改行やスペースは処理できますが、注釈や不明塩基が多い場合は、計算対象のA/T/G/Cを確認してから利用してください。
プライマー確認での使い方
プライマーではGC含有率がTmや結合の安定性に影響します。候補配列を貼り付け、GC%と長さを確認してから、必要に応じてTmや二次構造を詳しく検討してください。
よくある質問
Nなどの文字が入っている場合はどうなりますか？
この計算では認識できるDNA塩基（A/T/C/G）を対象にします。不明塩基や注釈が多い場合は、必要な領域だけに整えてから計算してください。
GC%の計算式は何ですか？
GC% = (G + C) / (A + T + G + C) × 100 です。
RNA配列にも使えますか？
GC%の考え方はRNAにも使えます。UをTに置き換えた同等表現として計算すると、GとCの割合を確認できます。
例
>example
ATGCGCGTATATGCGC
短い配列を貼り付けるだけで、GC含有率、塩基数、逆相補鎖を確認できます。