逆相補鎖ツール
DNA/RNA配列を貼り付けて、逆配列、相補鎖、逆相補鎖をすぐに変換できます。FASTA形式も利用できます。
逆配列・相補鎖・逆相補鎖ツール
DNA/RNA配列の向きを確認する
逆配列、相補鎖、逆相補鎖は、プライマー確認、鎖方向の確認、配列比較、ORF探索でよく使います。
- 逆配列: 入力した配列の並び順を反転します。
- 相補鎖: A/T/U/G/Cの対応に従って相補鎖を作ります。
- 逆相補鎖: 配列を反転してから相補鎖に変換します。DNAの反対鎖上の領域を確認するときに使います。
入力時のポイント
- 対応形式: 通常のDNA/RNA配列とFASTA形式に対応しています。FASTAヘッダーは出力にも保持されます。
- 複数配列: 複数のFASTA配列をまとめて変換し、結果をテキストファイルとして保存できます。
- 曖昧塩基コード: R/Y、K/M、B/V、D/HなどのIUPAC曖昧塩基コードに対応しています。
- 大文字・小文字: 入力配列の大文字・小文字は出力でも保持されます。
- ブラウザ内で処理: 変換はブラウザ内で実行され、配列はアップロードされません。
核酸の曖昧塩基コード
曖昧塩基コードは、正確な塩基が確定していない位置を表すために使います。下の表で各コードの相補関係を確認できます。
| Code | Nucleotides | Complement |
|---|---|---|
| A | A | T |
| G | G | C |
| C | C | G |
| T | T | A |
| U | U | A |
| R | A or G (purine) | Y |
| Y | C or T (pyrimidine) | R |
| S | C or G (strong) | S |
| W | A or T (weak) | W |
| K | G or T (keto) | M |
| M | A or C (amino) | K |
| B | C, G, or T (not A) | V |
| V | A, C, or G (not T) | B |
| D | A, G, or T (not C) | H |
| H | A, C, or T (not G) | D |
| - | gap | unchanged |
| any other | any or unknown | unchanged |
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使い方
- DNAまたはRNA配列をそのまま、またはFASTA形式で入力欄に貼り付けます。
- 必要な操作（逆配列、相補鎖、逆相補鎖）を選びます。
- 変換結果をコピーまたはダウンロードして、プライマー確認や鎖方向の確認に使います。
よくある質問
逆相補鎖は何に使いますか？
反対鎖上の配列確認、プライマー設計、ORF確認、アノテーションの向きの確認などに使います。
曖昧塩基コードに対応していますか？
はい。R↔Y、K↔M、B↔V、D↔HなどのIUPAC曖昧塩基コードに対応し、大文字小文字も保持します。