タンパク質分子量 · アミノ酸残基数 · CDS長換算
kDa アミノ酸数 計算機
kDa アミノ酸数 計算機は、タンパク質の分子量（kDa または Da）から推定アミノ酸残基数（aa）およびコード配列長（CDS bp）を算出し、逆にアミノ酸残基数から分子量（kDa）への換算や融合タグ（His・FLAG・GST・EGFP・MBP）の質量補正にも対応しています。
タンパク質分子量・アミノ酸残基数 双方向換算ツール
110 Da/残基は一般的な生化学の概算値です（天然プロテオーム加重平均は約111.1 Da）。
目的タンパク質の残基数を推定する前に、選択した融合タグの質量を差し引きます。
残基数 (N) ≈ (質量_Da − タグ_Da − 18.015) ÷ 平均残基質量_Da；CDS = (N + 1) × 3 bp。
計算式：kDa とアミノ酸残基数の双方向換算方法
遊離アミノ酸が脱水縮合してペプチド結合を形成する際、1結合あたり水1分子（H₂O = 18.015 Da）が脱離します。一般的なタンパク質において、ポリペプチド鎖内の1残基あたりの平均質量は約 110 Da（0.110 kDa）となります。
タンパク質分子量 (kDa)・アミノ酸残基数・CDS長 早見表
1残基あたり 110 Da の基準値を用いた、代表的なタンパク質サイズと推定アミノ酸残基数・CDS塩基長（終止コドン1個を含む）の換算一覧表です：
| 分子量 (kDa) | ダルトン質量 (Da) | 推定アミノ酸数 (110 Da/aa) | CDS長 (終止コドン含む) |
|---|---|---|---|
| 10 kDa | 10,000 Da | ~91 aa | ~276 bp |
| 25 kDa | 25,000 Da | ~227 aa | ~684 bp |
| 37 kDa | 37,000 Da | ~336 aa | ~1,011 bp |
| 50 kDa | 50,000 Da | ~455 aa | ~1,368 bp |
| 55 kDa | 55,000 Da | ~500 aa | ~1,503 bp |
| 75 kDa | 75,000 Da | ~682 aa | ~2,049 bp |
| 100 kDa | 100,000 Da | ~909 aa | ~2,730 bp |
| 150 kDa | 150,000 Da | ~1,364 aa | ~4,095 bp |
| 250 kDa | 250,000 Da | ~2,273 aa | ~6,822 bp |
SDS-PAGE バンドサイズと理論分子量に影響する要因
アミノ酸組成の偏り
グリシン（57.05 Da）やアラニン（71.08 Da）が多いタンパク質は1 kDaあたりの残基数が多くなり、トリプトファン（186.21 Da）やチロシン（163.18 Da）が多いタンパク質は平均残基質量が大きくなります。
融合タグ（アフィニティ・蛍光タグ）の付加
組換えタンパク質では 6×His（約0.84 kDa）や FLAG（約1.01 kDa）などの小タグから、GST（約26.0 kDa）、EGFP（約26.9 kDa）、MBP（約42.5 kDa）などの大型タグまで、タグ分の質量が加算されます。
翻訳後修飾と電気泳動の移動度
糖鎖付加、リン酸化、ユビキチン化、シグナルペプチド切断、または高酸性領域・プロリン豊富領域によるSDS結合量の変化により、SDS-PAGEの見かけの分子量は理論値と異なる場合があります。
関連するタンパク質・電気泳動計算ツール
アミノ酸配列が判明している場合や、SDS-PAGEゲル調製の際は以下の関連ツールをご活用ください：
よくある質問
50 kDa や 55 kDa のタンパク質にはアミノ酸がいくつありますか？
1残基あたり約 110 Da で概算すると、50 kDa のタンパク質は約 455 アミノ酸（CDS 約 1,368 bp）、55 kDa のタンパク質は約 500 アミノ酸（CDS 約 1,503 bp）に相当します。
アミノ酸残基数から分子量（kDa）を求めるには？
アミノ酸残基数に 110 Da（0.110 kDa）を掛け、末端の H および OH 基に相当する 18.015 Da を加えます。たとえば 300 残基のタンパク質は約 33.0 kDa と推定されます。
なぜ1残基あたり 128 Da ではなく 110 Da を使うのですか？
遊離アミノ酸20種の平均分子量は約 128 Da ですが、ペプチド結合の形成時に水分子（18.015 Da）が失われるため、ポリペプチド鎖内の実質的な平均残基質量は約 110 Da になります。
タンパク質の kDa から遺伝子の CDS 塩基長（bp）を推定するには？
質量（Da）を 110 で割ってアミノ酸残基数 N を求めた後、終止コドン1つ分を加えて (N + 1) × 3 bp で算出できます。