ヒトのコドン使用頻度表
ヒト（Homo sapiens）のコドン使用頻度、同義コドン内の比率、アミノ酸ごとの使われやすいコドンを確認できます。
頻度はその生物種でよく使われるコドンを探すために使い、比率は同じアミノ酸を指定する同義コドンの使われ方を比較するために使います。
生物種と表示形式
生物種、DNA/RNA表記、並び順を切り替えて、下のコドン使用頻度表を確認できます。
頻度が高いコドン
選択した生物種で、1,000コドンあたりの出現頻度が高いコドンです。
GAG
アミノ酸: E
比率 0.58
頻度 40.8
CTG
アミノ酸: L
比率 0.41
頻度 40.3
CAG
アミノ酸: Q
比率 0.75
頻度 34.6
AAG
アミノ酸: K
比率 0.58
頻度 32.9
GAA
アミノ酸: E
比率 0.42
頻度 29.0
GTG
アミノ酸: V
比率 0.47
頻度 28.9
GCC
アミノ酸: A
比率 0.40
頻度 28.5
GAC
アミノ酸: D
比率 0.54
頻度 26.0
同義コドン内で比率が高いコドン
同じアミノ酸を指定するコドンの中で、比率が高いものを表示します。終止コドンと単一コドンのアミノ酸は除外しています。
CAG
アミノ酸: Q
比率 0.75
頻度 34.6
CAC
アミノ酸: H
比率 0.59
頻度 14.9
GAG
アミノ酸: E
比率 0.58
頻度 40.8
AAG
アミノ酸: K
比率 0.58
頻度 32.9
TAC
アミノ酸: Y
比率 0.57
頻度 15.6
TTC
アミノ酸: F
比率 0.55
頻度 20.4
TGC
アミノ酸: C
比率 0.55
頻度 12.2
GAC
アミノ酸: D
比率 0.54
頻度 26.0
アミノ酸ごとの代表的な使用コドン
各アミノ酸で使われやすいコドンを、頻度の高い順に表示します。
GAG
アミノ酸: E
比率 0.58
頻度 40.8
CTG
アミノ酸: L
比率 0.41
頻度 40.3
CAG
アミノ酸: Q
比率 0.75
頻度 34.6
AAG
アミノ酸: K
比率 0.58
頻度 32.9
GTG
アミノ酸: V
比率 0.47
頻度 28.9
GCC
アミノ酸: A
比率 0.40
頻度 28.5
GAC
アミノ酸: D
比率 0.54
頻度 26.0
GGC
アミノ酸: G
比率 0.34
頻度 22.8
ヒト Homo sapiens: (遺伝暗号表: 標準)
遺伝暗号表の順に並べた、印刷しやすい2列表示です。頻度は1,000コドンあたりの値です。
| コドン | アミノ酸 | 比率 | 頻度/1000コドン | 件数 | コドン | アミノ酸 | 比率 | 頻度/1000コドン | 件数 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
TTT TTC TTA TTG | F F L L | 0.45 0.55 0.07 0.13 | 16.9 20.4 7.2 12.6 | 336,562 406,571 143,715 249,879 | TCT TCC TCA TCG | S S S S | 0.18 0.22 0.15 0.06 | 14.6 17.4 11.7 4.5 | 291,040 346,943 233,110 89,429 |
TAT TAC TAA TAG | Y Y * * | 0.43 0.57 0.28 0.20 | 12.0 15.6 0.7 0.5 | 239,268 310,695 14,322 10,915 | TGT TGC TGA TGG | C C * W | 0.45 0.55 0.52 1.00 | 9.9 12.2 1.3 12.8 | 197,293 243,685 25,383 255,512 |
CTT CTC CTA CTG | L L L L | 0.13 0.20 0.07 0.41 | 12.8 19.4 6.9 40.3 | 253,795 386,182 138,154 800,774 | CCT CCC CCA CCG | P P P P | 0.28 0.33 0.27 0.11 | 17.3 20.0 16.7 7.0 | 343,793 397,790 331,944 139,414 |
CAT CAC CAA CAG | H H Q Q | 0.41 0.59 0.25 0.75 | 10.4 14.9 11.8 34.6 | 207,826 297,048 234,785 688,316 | CGT CGC CGA CGG | R R R R | 0.08 0.19 0.11 0.21 | 4.7 10.9 6.3 11.9 | 93,458 217,130 126,113 235,938 |
ATT ATC ATA ATG | I I I M | 0.36 0.48 0.16 1.00 | 15.7 21.4 7.1 22.3 | 313,225 426,570 140,652 443,795 | ACT ACC ACA ACG | T T T T | 0.24 0.36 0.28 0.12 | 12.8 19.2 14.8 6.2 | 255,582 382,050 294,223 123,533 |
AAT AAC AAA AAG | N N K K | 0.46 0.54 0.42 0.58 | 16.7 19.5 24.0 32.9 | 331,714 387,148 476,554 654,280 | AGT AGC AGA AGG | S S R R | 0.15 0.24 0.20 0.20 | 11.9 19.4 11.5 11.4 | 237,404 385,113 228,151 227,281 |
GTT GTC GTA GTG | V V V V | 0.18 0.24 0.11 0.47 | 10.9 14.6 7.0 28.9 | 216,818 290,874 139,156 575,438 | GCT GCC GCA GCG | A A A A | 0.26 0.40 0.23 0.11 | 18.6 28.5 16.0 7.6 | 370,873 567,930 317,338 150,708 |
GAT GAC GAA GAG | D D E E | 0.46 0.54 0.42 0.58 | 22.3 26.0 29.0 40.8 | 443,369 517,579 577,846 810,842 | GGT GGC GGA GGG | G G G G | 0.16 0.34 0.25 0.25 | 10.8 22.8 16.3 16.4 | 215,544 453,917 325,243 326,879 |
ヒト Homo sapiens の 64 件を表示しています。
頻度は1,000コドンあたりの値です。比率は、同じアミノ酸を指定する同義コドン内での割合です。
この表で確認できること
ヒトで頻度が高いコドンはどれか。
同じアミノ酸を指定する同義コドンの中で、ヒトではどれが使われやすいか。
発現設計や配列確認の前に、どのコドンを重点的に見るべきか。
このページの使い方
まず上部のカードで、頻度が高いコドンと同義コドン内で比率が高いコドンを確認します。
頻度、比率、件数を比較したい場合は、完全な表で並び順を切り替えます。
ほかの生物種と比較したい場合は、コドン使用頻度表で生物種を切り替えてください。
よくある質問
ヒトでよく使われるコドンはどれですか？
「頻度が高いコドン」欄で、ヒト（Homo sapiens）において1,000コドンあたりの出現頻度が高いコドンを確認できます。
ヒトの同義コドン比率はどこで見ますか？
「同義コドン内で比率が高いコドン」欄で、同じアミノ酸を指定するコドンの中でどのコドンが使われやすいかを確認できます。
コドン頻度と比率の違いは何ですか？
頻度は1,000コドンあたりの出現数です。比率は、同じアミノ酸を指定する同義コドンの中で、そのコドンが占める割合です。
この表だけでコドン最適化を判断できますか？
この表はコドンバイアスの確認に役立ちますが、実際の発現設計では宿主、ベクター、遺伝子領域、mRNA構造、実験条件も合わせて確認してください。