シロイヌナズナのコドン使用頻度表
シロイヌナズナ（Arabidopsis thaliana）のコドン使用頻度、同義コドン内の比率、植物配列のコドンバイアスを確認できます。
頻度はその生物種でよく使われるコドンを探すために使い、比率は同じアミノ酸を指定する同義コドンの使われ方を比較するために使います。
生物種と表示形式
生物種、DNA/RNA表記、並び順を切り替えて、下のコドン使用頻度表を確認できます。
頻度が高いコドン
選択した生物種で、1,000コドンあたりの出現頻度が高いコドンです。
GAT
アミノ酸: D
比率 0.68
頻度 36.7
GAA
アミノ酸: E
比率 0.52
頻度 34.3
AAG
アミノ酸: K
比率 0.52
頻度 32.8
GAG
アミノ酸: E
比率 0.49
頻度 32.3
AAA
アミノ酸: K
比率 0.48
頻度 30.7
GCT
アミノ酸: A
比率 0.44
頻度 28.6
GTT
アミノ酸: V
比率 0.41
頻度 27.4
TCT
アミノ酸: S
比率 0.28
頻度 25.0
同義コドン内で比率が高いコドン
同じアミノ酸を指定するコドンの中で、比率が高いものを表示します。終止コドンと単一コドンのアミノ酸は除外しています。
GAT
アミノ酸: D
比率 0.68
頻度 36.7
CAT
アミノ酸: H
比率 0.61
頻度 13.7
TGT
アミノ酸: C
比率 0.59
頻度 10.4
CAA
アミノ酸: Q
比率 0.56
頻度 19.3
GAA
アミノ酸: E
比率 0.52
頻度 34.3
AAG
アミノ酸: K
比率 0.52
頻度 32.8
AAT
アミノ酸: N
比率 0.52
頻度 22.3
TAT
アミノ酸: Y
比率 0.52
頻度 14.8
アミノ酸ごとの代表的な使用コドン
各アミノ酸で使われやすいコドンを、頻度の高い順に表示します。
GAT
アミノ酸: D
比率 0.68
頻度 36.7
GAA
アミノ酸: E
比率 0.52
頻度 34.3
AAG
アミノ酸: K
比率 0.52
頻度 32.8
GCT
アミノ酸: A
比率 0.44
頻度 28.6
GTT
アミノ酸: V
比率 0.41
頻度 27.4
TCT
アミノ酸: S
比率 0.28
頻度 25.0
ATG
アミノ酸: M
比率 1.00
頻度 24.4
GGA
アミノ酸: G
比率 0.37
頻度 24.3
シロイヌナズナ Arabidopsis thaliana: (遺伝暗号表: 標準)
遺伝暗号表の順に並べた、印刷しやすい2列表示です。頻度は1,000コドンあたりの値です。
| コドン | アミノ酸 | 比率 | 頻度/1000コドン | 件数 | コドン | アミノ酸 | 比率 | 頻度/1000コドン | 件数 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
TTT TTC TTA TTG | F F L L | 0.51 0.49 0.13 0.22 | 21.9 20.7 12.6 20.9 | 534,456 505,253 308,336 508,909 | TCT TCC TCA TCG | S S S S | 0.28 0.13 0.20 0.10 | 25.0 11.1 18.1 9.2 | 610,403 270,545 440,264 223,500 |
TAT TAC TAA TAG | Y Y * * | 0.52 0.48 0.36 0.20 | 14.8 13.9 0.9 0.5 | 359,583 337,738 22,128 12,250 | TGT TGC TGA TGG | C C * W | 0.59 0.41 0.44 1.00 | 10.4 7.1 1.1 12.5 | 254,179 171,924 26,304 304,101 |
CTT CTC CTA CTG | L L L L | 0.26 0.17 0.11 0.11 | 24.2 16.1 9.9 9.9 | 589,767 391,502 240,784 240,472 | CCT CCC CCA CCG | P P P P | 0.38 0.11 0.33 0.17 | 18.7 5.3 16.2 8.5 | 455,638 129,838 393,957 207,684 |
CAT CAC CAA CAG | H H Q Q | 0.61 0.39 0.56 0.44 | 13.7 8.7 19.3 15.2 | 334,012 211,635 470,475 371,091 | CGT CGC CGA CGG | R R R R | 0.17 0.07 0.12 0.09 | 9.0 3.8 6.3 4.8 | 220,192 91,869 152,537 117,195 |
ATT ATC ATA ATG | I I I M | 0.41 0.35 0.24 1.00 | 21.7 18.6 12.5 24.4 | 528,593 452,968 305,594 594,807 | ACT ACC ACA ACG | T T T T | 0.34 0.20 0.30 0.15 | 17.7 10.4 15.7 7.7 | 431,031 252,577 381,774 186,589 |
AAT AAC AAA AAG | N N K K | 0.52 0.48 0.48 0.52 | 22.3 20.9 30.7 32.8 | 543,539 508,277 749,448 798,966 | AGT AGC AGA AGG | S S R R | 0.16 0.13 0.35 0.20 | 13.9 11.2 18.8 10.9 | 339,903 273,815 457,927 266,406 |
GTT GTC GTA GTG | V V V V | 0.41 0.19 0.15 0.26 | 27.4 12.8 10.0 17.4 | 668,037 312,848 242,644 423,929 | GCT GCC GCA GCG | A A A A | 0.44 0.16 0.27 0.14 | 28.6 10.4 17.6 8.9 | 697,575 253,877 427,842 217,886 |
GAT GAC GAA GAG | D D E E | 0.68 0.32 0.52 0.49 | 36.7 17.2 34.3 32.3 | 895,566 420,193 836,077 786,970 | GGT GGC GGA GGG | G G G G | 0.34 0.14 0.37 0.15 | 22.4 9.2 24.3 10.2 | 546,544 223,041 592,219 249,165 |
シロイヌナズナ Arabidopsis thaliana の 64 件を表示しています。
頻度は1,000コドンあたりの値です。比率は、同じアミノ酸を指定する同義コドン内での割合です。
この表で確認できること
シロイヌナズナで頻度が高いコドンはどれか。
同じアミノ酸を指定する同義コドンの中で、シロイヌナズナではどれが使われやすいか。
発現設計や配列確認の前に、どのコドンを重点的に見るべきか。
このページの使い方
まず上部のカードで、頻度が高いコドンと同義コドン内で比率が高いコドンを確認します。
頻度、比率、件数を比較したい場合は、完全な表で並び順を切り替えます。
ほかの生物種と比較したい場合は、コドン使用頻度表で生物種を切り替えてください。
よくある質問
シロイヌナズナでよく使われるコドンはどれですか？
「頻度が高いコドン」欄で、シロイヌナズナ（Arabidopsis thaliana）において1,000コドンあたりの出現頻度が高いコドンを確認できます。
シロイヌナズナの同義コドン比率はどこで見ますか？
「同義コドン内で比率が高いコドン」欄で、同じアミノ酸を指定するコドンの中でどのコドンが使われやすいかを確認できます。
コドン頻度と比率の違いは何ですか？
頻度は1,000コドンあたりの出現数です。比率は、同じアミノ酸を指定する同義コドンの中で、そのコドンが占める割合です。
この表だけでコドン最適化を判断できますか？
この表はコドンバイアスの確認に役立ちますが、実際の発現設計では宿主、ベクター、遺伝子領域、mRNA構造、実験条件も合わせて確認してください。