大腸菌のコドン使用頻度表
大腸菌（E. coli）のコドン使用頻度、1,000コドンあたりの頻度、同義コドン内の比率、使われやすいコドンを確認できます。
頻度はその生物種でよく使われるコドンを探すために使い、比率は同じアミノ酸を指定する同義コドンの使われ方を比較するために使います。
生物種と表示形式
生物種、DNA/RNA表記、並び順を切り替えて、下のコドン使用頻度表を確認できます。
頻度が高いコドン
選択した生物種で、1,000コドンあたりの出現頻度が高いコドンです。
CTG
アミノ酸: L
比率 0.47
頻度 48.4
GAA
アミノ酸: E
比率 0.68
頻度 39.1
AAA
アミノ酸: K
比率 0.74
頻度 35.3
GAT
アミノ酸: D
比率 0.63
頻度 32.7
GCG
アミノ酸: A
比率 0.33
頻度 30.1
ATT
アミノ酸: I
比率 0.49
頻度 29.8
CAG
アミノ酸: Q
比率 0.66
頻度 28.4
GGC
アミノ酸: G
比率 0.37
頻度 27.1
同義コドン内で比率が高いコドン
同じアミノ酸を指定するコドンの中で、比率が高いものを表示します。終止コドンと単一コドンのアミノ酸は除外しています。
AAA
アミノ酸: K
比率 0.74
頻度 35.3
GAA
アミノ酸: E
比率 0.68
頻度 39.1
CAG
アミノ酸: Q
比率 0.66
頻度 28.4
GAT
アミノ酸: D
比率 0.63
頻度 32.7
TAT
アミノ酸: Y
比率 0.59
頻度 17.5
TTT
アミノ酸: F
比率 0.58
頻度 22.1
CAT
アミノ酸: H
比率 0.57
頻度 12.5
TGC
アミノ酸: C
比率 0.54
頻度 6.1
アミノ酸ごとの代表的な使用コドン
各アミノ酸で使われやすいコドンを、頻度の高い順に表示します。
CTG
アミノ酸: L
比率 0.47
頻度 48.4
GAA
アミノ酸: E
比率 0.68
頻度 39.1
AAA
アミノ酸: K
比率 0.74
頻度 35.3
GAT
アミノ酸: D
比率 0.63
頻度 32.7
GCG
アミノ酸: A
比率 0.33
頻度 30.1
ATT
アミノ酸: I
比率 0.49
頻度 29.8
CAG
アミノ酸: Q
比率 0.66
頻度 28.4
GGC
アミノ酸: G
比率 0.37
頻度 27.1
大腸菌 Escherichia coli (E. coli): (遺伝暗号表: 標準)
遺伝暗号表の順に並べた、印刷しやすい2列表示です。頻度は1,000コドンあたりの値です。
| コドン | アミノ酸 | 比率 | 頻度/1000コドン | 件数 | コドン | アミノ酸 | 比率 | 頻度/1000コドン | 件数 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
TTT TTC TTA TTG | F F L L | 0.58 0.42 0.14 0.13 | 22.1 16.0 14.3 13.0 | 80,995 58,774 52,382 47,500 | TCT TCC TCA TCG | S S S S | 0.17 0.15 0.14 0.14 | 10.4 9.1 8.9 8.5 | 38,027 33,430 32,715 31,146 |
TAT TAC TAA TAG | Y Y * * | 0.59 0.41 0.61 0.09 | 17.5 12.2 2.0 0.3 | 63,937 44,631 7,356 989 | TGT TGC TGA TGG | C C * W | 0.46 0.54 0.30 1.00 | 5.2 6.1 1.0 13.9 | 19,138 22,188 3,623 50,991 |
CTT CTC CTA CTG | L L L L | 0.12 0.10 0.04 0.47 | 11.9 10.2 4.2 48.4 | 43,449 37,347 15,409 177,210 | CCT CCC CCA CCG | P P P P | 0.18 0.13 0.20 0.49 | 7.5 5.4 8.6 20.9 | 27,340 19,666 31,534 76,644 |
CAT CAC CAA CAG | H H Q Q | 0.57 0.43 0.34 0.66 | 12.5 9.3 14.6 28.4 | 45,879 34,078 53,394 104,171 | CGT CGC CGA CGG | R R R R | 0.36 0.36 0.07 0.11 | 20.0 19.7 3.8 5.9 | 73,197 72,212 13,844 21,552 |
ATT ATC ATA ATG | I I I M | 0.49 0.39 0.11 1.00 | 29.8 23.7 6.8 26.4 | 109,072 86,796 24,984 96,695 | ACT ACC ACA ACG | T T T T | 0.19 0.40 0.17 0.25 | 10.3 22.0 9.3 13.7 | 37,842 80,547 33,910 50,269 |
AAT AAC AAA AAG | N N K K | 0.49 0.51 0.74 0.26 | 20.6 21.4 35.3 12.4 | 75,436 78,443 129,137 45,459 | AGT AGC AGA AGG | S S R R | 0.16 0.25 0.07 0.04 | 9.9 15.2 3.6 2.1 | 36,097 55,551 13,152 7,607 |
GTT GTC GTA GTG | V V V V | 0.28 0.20 0.17 0.35 | 19.8 14.3 11.6 24.4 | 72,584 52,439 42,420 89,265 | GCT GCC GCA GCG | A A A A | 0.18 0.26 0.23 0.33 | 17.1 24.2 21.2 30.1 | 62,479 88,721 77,547 110,308 |
GAT GAC GAA GAG | D D E E | 0.63 0.37 0.68 0.32 | 32.7 19.2 39.1 18.7 | 119,939 70,394 143,353 68,609 | GGT GGC GGA GGG | G G G G | 0.35 0.37 0.13 0.15 | 25.5 27.1 9.5 11.3 | 93,325 99,390 34,799 41,277 |
大腸菌 Escherichia coli (E. coli) の 64 件を表示しています。
頻度は1,000コドンあたりの値です。比率は、同じアミノ酸を指定する同義コドン内での割合です。
この表で確認できること
大腸菌で頻度が高いコドンはどれか。
同じアミノ酸を指定する同義コドンの中で、大腸菌ではどれが使われやすいか。
発現設計や配列確認の前に、どのコドンを重点的に見るべきか。
このページの使い方
まず上部のカードで、頻度が高いコドンと同義コドン内で比率が高いコドンを確認します。
頻度、比率、件数を比較したい場合は、完全な表で並び順を切り替えます。
ほかの生物種と比較したい場合は、コドン使用頻度表で生物種を切り替えてください。
よくある質問
大腸菌でよく使われるコドンはどれですか？
「頻度が高いコドン」欄で、大腸菌（Escherichia coli）において1,000コドンあたりの出現頻度が高いコドンを確認できます。
大腸菌の同義コドン比率はどこで見ますか？
「同義コドン内で比率が高いコドン」欄で、同じアミノ酸を指定するコドンの中でどのコドンが使われやすいかを確認できます。
コドン頻度と比率の違いは何ですか？
頻度は1,000コドンあたりの出現数です。比率は、同じアミノ酸を指定する同義コドンの中で、そのコドンが占める割合です。
この表だけでコドン最適化を判断できますか？
この表はコドンバイアスの確認に役立ちますが、実際の発現設計では宿主、ベクター、遺伝子領域、mRNA構造、実験条件も合わせて確認してください。