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酵母のコドン使用頻度表

出芽酵母（Saccharomyces cerevisiae）のコドン使用頻度、頻度/1000コドン、同義コドン比率、コドンバイアスを確認できます。

頻度はその生物種でよく使われるコドンを探すために使い、比率は同じアミノ酸を指定する同義コドンの使われ方を比較するために使います。

大腸菌酵母シロイヌナズナヒト

生物種と表示形式

生物種、DNA/RNA表記、並び順を切り替えて、下のコドン使用頻度表を確認できます。

頻度が高いコドン

選択した生物種で、1,000コドンあたりの出現頻度が高いコドンです。
GAA
アミノ酸: E
比率 0.71
頻度 45.9
AAA
アミノ酸: K
比率 0.58
頻度 42.2
GAT
アミノ酸: D
比率 0.65
頻度 37.8
AAT
アミノ酸: N
比率 0.59
頻度 36.0
AAG
アミノ酸: K
比率 0.42
頻度 30.8
ATT
アミノ酸: I
比率 0.46
頻度 30.2
CAA
アミノ酸: Q
比率 0.69
頻度 27.5
TTG
アミノ酸: L
比率 0.29
頻度 27.1

同義コドン内で比率が高いコドン

同じアミノ酸を指定するコドンの中で、比率が高いものを表示します。終止コドンと単一コドンのアミノ酸は除外しています。
GAA
アミノ酸: E
比率 0.71
頻度 45.9
CAA
アミノ酸: Q
比率 0.69
頻度 27.5
GAT
アミノ酸: D
比率 0.65
頻度 37.8
CAT
アミノ酸: H
比率 0.64
頻度 13.7
TGT
アミノ酸: C
比率 0.63
頻度 8.0
AAT
アミノ酸: N
比率 0.59
頻度 36.0
TTT
アミノ酸: F
比率 0.59
頻度 26.1
AAA
アミノ酸: K
比率 0.58
頻度 42.2

アミノ酸ごとの代表的な使用コドン

各アミノ酸で使われやすいコドンを、頻度の高い順に表示します。
GAA
アミノ酸: E
比率 0.71
頻度 45.9
AAA
アミノ酸: K
比率 0.58
頻度 42.2
GAT
アミノ酸: D
比率 0.65
頻度 37.8
AAT
アミノ酸: N
比率 0.59
頻度 36.0
ATT
アミノ酸: I
比率 0.46
頻度 30.2
CAA
アミノ酸: Q
比率 0.69
頻度 27.5
TTG
アミノ酸: L
比率 0.29
頻度 27.1
TTT
アミノ酸: F
比率 0.59
頻度 26.1

出芽酵母 Saccharomyces cerevisiae: (遺伝暗号表: 標準)

遺伝暗号表の順に並べた、印刷しやすい2列表示です。頻度は1,000コドンあたりの値です。
コドンアミノ酸比率頻度/1000コドン件数コドンアミノ酸比率頻度/1000コドン件数
TTT
TTC
TTA
TTG
F
F
L
L
0.59
0.41
0.28
0.29
26.1
18.2
26.4
27.1
147,662
103,110
149,466
153,307
TCT
TCC
TCA
TCG
S
S
S
S
0.26
0.16
0.21
0.10
23.6
14.2
18.8
8.6
133,502
80,612
106,266
48,524
TAT
TAC
TAA
TAG
Y
Y
*
*
0.56
0.44
0.48
0.24
18.8
14.7
1.0
0.5
106,420
83,100
5,596
2,681
TGT
TGC
TGA
TGG
C
C
*
W
0.63
0.37
0.29
1.00
8.0
4.7
0.6
10.3
45,222
26,520
3,516
58,416
CTT
CTC
CTA
CTG
L
L
L
L
0.13
0.06
0.14
0.11
12.2
5.4
13.4
10.4
68,959
30,501
75,775
59,027
CCT
CCC
CCA
CCG
P
P
P
P
0.31
0.15
0.41
0.12
13.6
6.8
18.2
5.3
77,061
38,414
103,062
29,916
CAT
CAC
CAA
CAG
H
H
Q
Q
0.64
0.36
0.69
0.31
13.7
7.8
27.5
12.2
77,724
44,082
155,751
68,932
CGT
CGC
CGA
CGG
R
R
R
R
0.15
0.06
0.07
0.04
6.5
2.6
3.0
1.7
36,693
14,645
17,111
9,872
ATT
ATC
ATA
ATG
I
I
I
M
0.46
0.26
0.27
1.00
30.2
17.1
17.8
20.9
171,272
96,735
100,930
118,274
ACT
ACC
ACA
ACG
T
T
T
T
0.35
0.22
0.30
0.13
20.3
12.6
17.8
7.9
114,746
71,204
100,680
44,995
AAT
AAC
AAA
AAG
N
N
K
K
0.59
0.41
0.58
0.42
36.0
24.9
42.2
30.8
204,015
141,103
239,186
174,250
AGT
AGC
AGA
AGG
S
S
R
R
0.16
0.11
0.48
0.21
14.2
9.7
21.3
9.2
80,293
54,825
120,587
52,322
GTT
GTC
GTA
GTG
V
V
V
V
0.39
0.21
0.21
0.19
22.0
11.6
11.8
10.6
124,665
65,664
66,649
60,286
GCT
GCC
GCA
GCG
A
A
A
A
0.38
0.22
0.29
0.11
21.1
12.5
16.2
6.1
119,402
71,065
91,502
34,754
GAT
GAC
GAA
GAG
D
D
E
E
0.65
0.35
0.71
0.29
37.8
20.3
45.9
19.1
214,363
114,918
260,082
108,411
GGT
GGC
GGA
GGG
G
G
G
G
0.47
0.19
0.22
0.12
23.9
9.7
10.9
6.0
135,417
54,977
61,825
33,885
出芽酵母 Saccharomyces cerevisiae の 64 件を表示しています。
頻度は1,000コドンあたりの値です。比率は、同じアミノ酸を指定する同義コドン内での割合です。

この表で確認できること

酵母で頻度が高いコドンはどれか。
同じアミノ酸を指定する同義コドンの中で、酵母ではどれが使われやすいか。
発現設計や配列確認の前に、どのコドンを重点的に見るべきか。

このページの使い方

まず上部のカードで、頻度が高いコドンと同義コドン内で比率が高いコドンを確認します。
頻度、比率、件数を比較したい場合は、完全な表で並び順を切り替えます。
ほかの生物種と比較したい場合は、コドン使用頻度表で生物種を切り替えてください。

よくある質問

酵母でよく使われるコドンはどれですか？

「頻度が高いコドン」欄で、出芽酵母（Saccharomyces cerevisiae）において1,000コドンあたりの出現頻度が高いコドンを確認できます。

酵母の同義コドン比率はどこで見ますか？

「同義コドン内で比率が高いコドン」欄で、同じアミノ酸を指定するコドンの中でどのコドンが使われやすいかを確認できます。

コドン頻度と比率の違いは何ですか？

頻度は1,000コドンあたりの出現数です。比率は、同じアミノ酸を指定する同義コドンの中で、そのコドンが占める割合です。

この表だけでコドン最適化を判断できますか？

この表はコドンバイアスの確認に役立ちますが、実際の発現設計では宿主、ベクター、遺伝子領域、mRNA構造、実験条件も合わせて確認してください。