拟南芥密码子使用频率表
查看 拟南芥（Arabidopsis thaliana） 的密码子使用频率、每 1,000 个密码子的出现频率、同义密码子 fraction 以及常用密码子偏好。
使用 frequency 查找该物种中最常见的密码子；使用 fraction 比较同一氨基酸家族内的同义密码子偏好。
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These settings control the summary cards and the full codon usage table below.
Top Codons by Frequency
Codons ranked by frequency per 1,000 codons in the selected organism.
GAT
Amino acid: D
Fraction 0.68
Freq 36.7
GAA
Amino acid: E
Fraction 0.52
Freq 34.3
AAG
Amino acid: K
Fraction 0.52
Freq 32.8
GAG
Amino acid: E
Fraction 0.49
Freq 32.3
AAA
Amino acid: K
Fraction 0.48
Freq 30.7
GCT
Amino acid: A
Fraction 0.44
Freq 28.6
GTT
Amino acid: V
Fraction 0.41
Freq 27.4
TCT
Amino acid: S
Fraction 0.28
Freq 25.0
Top Codons by Fraction
Synonymous codons ranked by fraction. Stop codons and single-codon amino acids are excluded.
GAT
Amino acid: D
Fraction 0.68
Freq 36.7
CAT
Amino acid: H
Fraction 0.61
Freq 13.7
TGT
Amino acid: C
Fraction 0.59
Freq 10.4
CAA
Amino acid: Q
Fraction 0.56
Freq 19.3
GAA
Amino acid: E
Fraction 0.52
Freq 34.3
AAG
Amino acid: K
Fraction 0.52
Freq 32.8
AAT
Amino acid: N
Fraction 0.52
Freq 22.3
TAT
Amino acid: Y
Fraction 0.52
Freq 14.8
Preferred Codons by Amino Acid
One preferred codon per amino acid, ranked by frequency to surface practical defaults.
GAT
Amino acid: D
Fraction 0.68
Freq 36.7
GAA
Amino acid: E
Fraction 0.52
Freq 34.3
AAG
Amino acid: K
Fraction 0.52
Freq 32.8
GCT
Amino acid: A
Fraction 0.44
Freq 28.6
GTT
Amino acid: V
Fraction 0.41
Freq 27.4
TCT
Amino acid: S
Fraction 0.28
Freq 25.0
ATG
Amino acid: M
Fraction 1.00
Freq 24.4
GGA
Amino acid: G
Fraction 0.37
Freq 24.3
Arabidopsis thaliana: (Genetic code: Standard)
Print-friendly 2-column table in genetic code order. Frequency is shown per 1,000 codons.
| Triplet | Amino acid | Fraction | Frequency/Thousand | Number | Triplet | Amino acid | Fraction | Frequency/Thousand | Number |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
TTT TTC TTA TTG | F F L L | 0.51 0.49 0.13 0.22 | 21.9 20.7 12.6 20.9 | 534,456 505,253 308,336 508,909 | TCT TCC TCA TCG | S S S S | 0.28 0.13 0.20 0.10 | 25.0 11.1 18.1 9.2 | 610,403 270,545 440,264 223,500 |
TAT TAC TAA TAG | Y Y * * | 0.52 0.48 0.36 0.20 | 14.8 13.9 0.9 0.5 | 359,583 337,738 22,128 12,250 | TGT TGC TGA TGG | C C * W | 0.59 0.41 0.44 1.00 | 10.4 7.1 1.1 12.5 | 254,179 171,924 26,304 304,101 |
CTT CTC CTA CTG | L L L L | 0.26 0.17 0.11 0.11 | 24.2 16.1 9.9 9.9 | 589,767 391,502 240,784 240,472 | CCT CCC CCA CCG | P P P P | 0.38 0.11 0.33 0.17 | 18.7 5.3 16.2 8.5 | 455,638 129,838 393,957 207,684 |
CAT CAC CAA CAG | H H Q Q | 0.61 0.39 0.56 0.44 | 13.7 8.7 19.3 15.2 | 334,012 211,635 470,475 371,091 | CGT CGC CGA CGG | R R R R | 0.17 0.07 0.12 0.09 | 9.0 3.8 6.3 4.8 | 220,192 91,869 152,537 117,195 |
ATT ATC ATA ATG | I I I M | 0.41 0.35 0.24 1.00 | 21.7 18.6 12.5 24.4 | 528,593 452,968 305,594 594,807 | ACT ACC ACA ACG | T T T T | 0.34 0.20 0.30 0.15 | 17.7 10.4 15.7 7.7 | 431,031 252,577 381,774 186,589 |
AAT AAC AAA AAG | N N K K | 0.52 0.48 0.48 0.52 | 22.3 20.9 30.7 32.8 | 543,539 508,277 749,448 798,966 | AGT AGC AGA AGG | S S R R | 0.16 0.13 0.35 0.20 | 13.9 11.2 18.8 10.9 | 339,903 273,815 457,927 266,406 |
GTT GTC GTA GTG | V V V V | 0.41 0.19 0.15 0.26 | 27.4 12.8 10.0 17.4 | 668,037 312,848 242,644 423,929 | GCT GCC GCA GCG | A A A A | 0.44 0.16 0.27 0.14 | 28.6 10.4 17.6 8.9 | 697,575 253,877 427,842 217,886 |
GAT GAC GAA GAG | D D E E | 0.68 0.32 0.52 0.49 | 36.7 17.2 34.3 32.3 | 895,566 420,193 836,077 786,970 | GGT GGC GGA GGG | G G G G | 0.34 0.14 0.37 0.15 | 22.4 9.2 24.3 10.2 | 546,544 223,041 592,219 249,165 |
Showing 64 entries for Arabidopsis thaliana.
Frequency is measured per 1,000 codons. Fraction compares codons that encode the same amino acid.
这个表适合回答的问题
在 Arabidopsis thaliana 中哪些密码子最常用？
同一氨基酸的同义密码子中，Arabidopsis thaliana 更偏好哪一个？
哪些密码子可能需要在表达设计前重点检查？
如何使用这个页面
先用摘要卡片快速找到最常用和最高 fraction 的密码子。
需要比较 frequency、fraction 或 count 时，在完整表格中切换排序。
如果要切换物种或搜索密码子/氨基酸，请使用完整的 密码子使用频率表。
常见问题
拟南芥中最常用的密码子有哪些？
查看“最常用密码子”区域，可以按每 1,000 个密码子的出现频率判断 拟南芥（Arabidopsis thaliana） 中哪些密码子最常见。
拟南芥的同义密码子偏好怎么看？
查看“最高 fraction 密码子”区域，可以比较编码同一氨基酸的同义密码子中哪一个更常被使用。
codon frequency 和 fraction 有什么区别？
frequency 表示每 1,000 个密码子中的出现次数；fraction 表示该密码子在同一氨基酸的同义密码子集合中所占比例。
这个表可以直接用于密码子优化吗？
这个表适合初步查看密码子偏好，但实际表达设计还应结合宿主、载体、mRNA 结构、基因区域和实验条件综合判断。