CodonTableCodonTable

Streptomyces密码子使用频率表

查看 Streptomyces 的密码子使用频率、每 1,000 个密码子的出现频率、同义密码子 fraction 以及常用密码子偏好。

使用 frequency 查找该物种中最常见的密码子；使用 fraction 比较同一氨基酸家族内的同义密码子偏好。

大肠杆菌酵母拟南芥Caenorhabditis elegansCricetulus griseusDrosophila melanogaster人类Spodoptera frugiperdaMus musculusNicotiana tabacumPichia pastorisSus scrofaRattus norvegicusStreptomycesZea mays

Choose Organism and Display

These settings control the summary cards and the full codon usage table below.

Top Codons by Frequency

Codons ranked by frequency per 1,000 codons in the selected organism.
GCC
Amino acid: A
Fraction 0.57
Freq 78.4
GGC
Amino acid: G
Fraction 0.64
Freq 61.0
CTG
Amino acid: L
Fraction 0.60
Freq 60.9
GAC
Amino acid: D
Fraction 0.95
Freq 58.2
GCG
Amino acid: A
Fraction 0.36
Freq 49.4
GAG
Amino acid: E
Fraction 0.85
Freq 48.4
GTC
Amino acid: V
Fraction 0.55
Freq 46.9
ACC
Amino acid: T
Fraction 0.65
Freq 39.8

Top Codons by Fraction

Synonymous codons ranked by fraction. Stop codons and single-codon amino acids are excluded.
TTC
Amino acid: F
Fraction 0.98
Freq 25.9
ATC
Amino acid: I
Fraction 0.96
Freq 27.6
AAC
Amino acid: N
Fraction 0.96
Freq 16.3
GAC
Amino acid: D
Fraction 0.95
Freq 58.2
CAG
Amino acid: Q
Fraction 0.95
Freq 25.3
AAG
Amino acid: K
Fraction 0.95
Freq 19.7
TAC
Amino acid: Y
Fraction 0.95
Freq 19.5
CAC
Amino acid: H
Fraction 0.93
Freq 21.8

Preferred Codons by Amino Acid

One preferred codon per amino acid, ranked by frequency to surface practical defaults.
GCC
Amino acid: A
Fraction 0.57
Freq 78.4
GGC
Amino acid: G
Fraction 0.64
Freq 61.0
CTG
Amino acid: L
Fraction 0.60
Freq 60.9
GAC
Amino acid: D
Fraction 0.95
Freq 58.2
GAG
Amino acid: E
Fraction 0.85
Freq 48.4
GTC
Amino acid: V
Fraction 0.55
Freq 46.9
ACC
Amino acid: T
Fraction 0.65
Freq 39.8
CGC
Amino acid: R
Fraction 0.47
Freq 39.2

Streptomyces: (Genetic code: Standard)

Print-friendly 2-column table in genetic code order. Frequency is shown per 1,000 codons.
TripletAmino acidFractionFrequency/ThousandNumberTripletAmino acidFractionFrequency/ThousandNumber
TTT
TTC
TTA
TTG
F
F
L
L
0.02
0.98
0.00
0.02
0.4
25.9
0.1
2.4
1,234
72,059
179
6,779
TCT
TCC
TCA
TCG
S
S
S
S
0.01
0.41
0.02
0.28
0.6
20.2
1.1
13.7
1,803
56,276
3,013
38,183
TAT
TAC
TAA
TAG
Y
Y
*
*
0.05
0.95
0.03
0.17
1.0
19.5
0.1
0.5
2,727
54,303
395
1,479
TGT
TGC
TGA
TGG
C
C
*
W
0.09
0.91
0.80
1.00
0.7
7.1
2.4
15.1
2,004
19,634
6,617
42,057
CTT
CTC
CTA
CTG
L
L
L
L
0.02
0.36
0.00
0.60
1.6
36.6
0.4
60.9
4,459
101,750
997
169,359
CCT
CCC
CCA
CCG
P
P
P
P
0.02
0.41
0.02
0.54
1.5
25.4
1.3
33.3
4,294
70,794
3,746
92,793
CAT
CAC
CAA
CAG
H
H
Q
Q
0.07
0.93
0.05
0.95
1.7
21.8
1.4
25.3
4,740
60,728
3,759
70,449
CGT
CGC
CGA
CGG
R
R
R
R
0.07
0.47
0.03
0.38
5.5
39.2
2.6
31.8
15,259
108,957
7,181
88,441
ATT
ATC
ATA
ATG
I
I
I
M
0.02
0.96
0.02
1.00
0.6
27.6
0.7
15.8
1,759
76,866
1,850
43,995
ACT
ACC
ACA
ACG
T
T
T
T
0.02
0.65
0.03
0.31
1.2
39.8
1.6
18.9
3,330
110,711
4,581
52,727
AAT
AAC
AAA
AAG
N
N
K
K
0.04
0.96
0.05
0.95
0.7
16.3
1.1
19.7
2,002
45,375
2,959
54,924
AGT
AGC
AGA
AGG
S
S
R
R
0.03
0.25
0.01
0.04
1.5
12.4
0.8
3.7
4,219
34,568
2,165
10,191
GTT
GTC
GTA
GTG
V
V
V
V
0.02
0.55
0.03
0.41
1.5
46.9
2.7
34.9
4,063
130,645
7,402
97,199
GCT
GCC
GCA
GCG
A
A
A
A
0.02
0.57
0.04
0.36
3.1
78.4
5.6
49.4
8,535
218,103
15,633
137,587
GAT
GAC
GAA
GAG
D
D
E
E
0.05
0.95
0.15
0.85
3.1
58.2
8.7
48.4
8,523
162,110
24,291
134,604
GGT
GGC
GGA
GGG
G
G
G
G
0.10
0.64
0.08
0.19
9.2
61.0
7.2
18.1
25,651
169,647
19,941
50,450
Showing 64 entries for Streptomyces.
Frequency is measured per 1,000 codons. Fraction compares codons that encode the same amino acid.

这个表适合回答的问题

在 Streptomyces 中哪些密码子最常用？
同一氨基酸的同义密码子中，Streptomyces 更偏好哪一个？
哪些密码子可能需要在表达设计前重点检查？

如何使用这个页面

先用摘要卡片快速找到最常用和最高 fraction 的密码子。
需要比较 frequency、fraction 或 count 时，在完整表格中切换排序。
如果要切换物种或搜索密码子/氨基酸，请使用完整的 密码子使用频率表。

常见问题

Streptomyces中最常用的密码子有哪些？

查看“最常用密码子”区域，可以按每 1,000 个密码子的出现频率判断 Streptomyces 中哪些密码子最常见。

Streptomyces的同义密码子偏好怎么看？

查看“最高 fraction 密码子”区域，可以比较编码同一氨基酸的同义密码子中哪一个更常被使用。

codon frequency 和 fraction 有什么区别？

frequency 表示每 1,000 个密码子中的出现次数；fraction 表示该密码子在同一氨基酸的同义密码子集合中所占比例。

这个表可以直接用于密码子优化吗？

这个表适合初步查看密码子偏好，但实际表达设计还应结合宿主、载体、mRNA 结构、基因区域和实验条件综合判断。