Spodoptera frugiperda密码子使用频率表
查看 Spodoptera frugiperda 的密码子使用频率、每 1,000 个密码子的出现频率、同义密码子 fraction 以及常用密码子偏好。
使用 frequency 查找该物种中最常见的密码子；使用 fraction 比较同一氨基酸家族内的同义密码子偏好。
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These settings control the summary cards and the full codon usage table below.
Top Codons by Frequency
Codons ranked by frequency per 1,000 codons in the selected organism.
AAG
Amino acid: K
Fraction 0.69
Freq 57.2
GAG
Amino acid: E
Fraction 0.59
Freq 36.2
GAC
Amino acid: D
Fraction 0.63
Freq 32.9
ATC
Amino acid: I
Fraction 0.59
Freq 30.4
AAC
Amino acid: N
Fraction 0.71
Freq 28.3
TTC
Amino acid: F
Fraction 0.75
Freq 27.3
GCT
Amino acid: A
Fraction 0.36
Freq 27.0
ATG
Amino acid: M
Fraction 1.00
Freq 26.8
Top Codons by Fraction
Synonymous codons ranked by fraction. Stop codons and single-codon amino acids are excluded.
TTC
Amino acid: F
Fraction 0.75
Freq 27.3
TAC
Amino acid: Y
Fraction 0.75
Freq 24.1
AAC
Amino acid: N
Fraction 0.71
Freq 28.3
AAG
Amino acid: K
Fraction 0.69
Freq 57.2
CAC
Amino acid: H
Fraction 0.68
Freq 16.6
TGC
Amino acid: C
Fraction 0.65
Freq 12.8
GAC
Amino acid: D
Fraction 0.63
Freq 32.9
CAG
Amino acid: Q
Fraction 0.61
Freq 23.3
Preferred Codons by Amino Acid
One preferred codon per amino acid, ranked by frequency to surface practical defaults.
AAG
Amino acid: K
Fraction 0.69
Freq 57.2
GAG
Amino acid: E
Fraction 0.59
Freq 36.2
GAC
Amino acid: D
Fraction 0.63
Freq 32.9
ATC
Amino acid: I
Fraction 0.59
Freq 30.4
AAC
Amino acid: N
Fraction 0.71
Freq 28.3
TTC
Amino acid: F
Fraction 0.75
Freq 27.3
GCT
Amino acid: A
Fraction 0.36
Freq 27.0
ATG
Amino acid: M
Fraction 1.00
Freq 26.8
Spodoptera frugiperda (Insect/SF9): (Genetic code: Standard)
Print-friendly 2-column table in genetic code order. Frequency is shown per 1,000 codons.
| Triplet | Amino acid | Fraction | Frequency/Thousand | Number | Triplet | Amino acid | Fraction | Frequency/Thousand | Number |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
TTT TTC TTA TTG | F F L L | 0.25 0.75 0.07 0.20 | 9.2 27.3 5.7 15.9 | 263 786 165 458 | TCT TCC TCA TCG | S S S S | 0.19 0.24 0.16 0.12 | 10.8 14.1 9.2 7.2 | 310 405 264 208 |
TAT TAC TAA TAG | Y Y * * | 0.25 0.75 0.68 0.15 | 8.1 24.1 2.8 0.6 | 232 694 81 18 | TGT TGC TGA TGG | C C * W | 0.35 0.65 0.17 1.00 | 6.9 12.8 0.7 11.3 | 199 369 20 325 |
CTT CTC CTA CTG | L L L L | 0.13 0.22 0.08 0.31 | 10.3 18.1 6.1 25.2 | 297 521 175 724 | CCT CCC CCA CCG | P P P P | 0.29 0.31 0.24 0.16 | 14.3 14.8 11.5 7.9 | 410 425 331 226 |
CAT CAC CAA CAG | H H Q Q | 0.32 0.68 0.39 0.61 | 7.9 16.6 15.2 23.3 | 226 476 437 671 | CGT CGC CGA CGG | R R R R | 0.25 0.24 0.08 0.05 | 17.2 16.4 5.5 3.4 | 495 472 157 98 |
ATT ATC ATA ATG | I I I M | 0.29 0.59 0.12 1.00 | 15.1 30.4 6.0 26.8 | 434 873 173 770 | ACT ACC ACA ACG | T T T T | 0.27 0.36 0.21 0.16 | 13.8 18.5 10.7 8.2 | 397 531 308 235 |
AAT AAC AAA AAG | N N K K | 0.29 0.71 0.31 0.69 | 11.7 28.3 26.0 57.2 | 336 814 746 1,644 | AGT AGC AGA AGG | S S R R | 0.12 0.17 0.16 0.21 | 6.7 10.1 11.2 14.3 | 194 289 322 411 |
GTT GTC GTA GTG | V V V V | 0.20 0.30 0.15 0.35 | 14.2 21.4 10.8 25.4 | 407 614 310 731 | GCT GCC GCA GCG | A A A A | 0.36 0.30 0.16 0.18 | 27.0 22.7 11.8 13.3 | 775 653 339 381 |
GAT GAC GAA GAG | D D E E | 0.37 0.63 0.41 0.59 | 19.1 32.9 25.0 36.2 | 550 947 718 1,041 | GGT GGC GGA GGG | G G G G | 0.36 0.32 0.27 0.05 | 23.1 20.6 17.8 3.3 | 663 592 511 96 |
Showing 64 entries for Spodoptera frugiperda (Insect/SF9).
Frequency is measured per 1,000 codons. Fraction compares codons that encode the same amino acid.
这个表适合回答的问题
在 Spodoptera frugiperda 中哪些密码子最常用？
同一氨基酸的同义密码子中，Spodoptera frugiperda 更偏好哪一个？
哪些密码子可能需要在表达设计前重点检查？
如何使用这个页面
先用摘要卡片快速找到最常用和最高 fraction 的密码子。
需要比较 frequency、fraction 或 count 时，在完整表格中切换排序。
如果要切换物种或搜索密码子/氨基酸，请使用完整的 密码子使用频率表。
常见问题
Spodoptera frugiperda中最常用的密码子有哪些？
查看“最常用密码子”区域，可以按每 1,000 个密码子的出现频率判断 Spodoptera frugiperda 中哪些密码子最常见。
Spodoptera frugiperda的同义密码子偏好怎么看？
查看“最高 fraction 密码子”区域，可以比较编码同一氨基酸的同义密码子中哪一个更常被使用。
codon frequency 和 fraction 有什么区别？
frequency 表示每 1,000 个密码子中的出现次数；fraction 表示该密码子在同一氨基酸的同义密码子集合中所占比例。
这个表可以直接用于密码子优化吗？
这个表适合初步查看密码子偏好，但实际表达设计还应结合宿主、载体、mRNA 结构、基因区域和实验条件综合判断。