CodonTableCodonTable

Mus musculus密码子使用频率表

查看 Mus musculus 的密码子使用频率、每 1,000 个密码子的出现频率、同义密码子 fraction 以及常用密码子偏好。

使用 frequency 查找该物种中最常见的密码子；使用 fraction 比较同一氨基酸家族内的同义密码子偏好。

大肠杆菌酵母拟南芥Caenorhabditis elegansCricetulus griseusDrosophila melanogaster人类Spodoptera frugiperdaMus musculusNicotiana tabacumPichia pastorisSus scrofaRattus norvegicusStreptomycesZea mays

Choose Organism and Display

These settings control the summary cards and the full codon usage table below.

Top Codons by Frequency

Codons ranked by frequency per 1,000 codons in the selected organism.
CTG
Amino acid: L
Fraction 0.39
Freq 40.0
GAG
Amino acid: E
Fraction 0.60
Freq 39.4
CAG
Amino acid: Q
Fraction 0.75
Freq 34.0
AAG
Amino acid: K
Fraction 0.61
Freq 33.7
GTG
Amino acid: V
Fraction 0.46
Freq 29.1
GAC
Amino acid: D
Fraction 0.56
Freq 26.6
GAA
Amino acid: E
Fraction 0.40
Freq 26.5
GCC
Amino acid: A
Fraction 0.38
Freq 26.4

Top Codons by Fraction

Synonymous codons ranked by fraction. Stop codons and single-codon amino acids are excluded.
CAG
Amino acid: Q
Fraction 0.75
Freq 34.0
AAG
Amino acid: K
Fraction 0.61
Freq 33.7
GAG
Amino acid: E
Fraction 0.60
Freq 39.4
CAC
Amino acid: H
Fraction 0.60
Freq 15.2
TAC
Amino acid: Y
Fraction 0.58
Freq 16.5
TTC
Amino acid: F
Fraction 0.57
Freq 22.3
AAC
Amino acid: N
Fraction 0.57
Freq 20.7
GAC
Amino acid: D
Fraction 0.56
Freq 26.6

Preferred Codons by Amino Acid

One preferred codon per amino acid, ranked by frequency to surface practical defaults.
CTG
Amino acid: L
Fraction 0.39
Freq 40.0
GAG
Amino acid: E
Fraction 0.60
Freq 39.4
CAG
Amino acid: Q
Fraction 0.75
Freq 34.0
AAG
Amino acid: K
Fraction 0.61
Freq 33.7
GTG
Amino acid: V
Fraction 0.46
Freq 29.1
GAC
Amino acid: D
Fraction 0.56
Freq 26.6
GCC
Amino acid: A
Fraction 0.38
Freq 26.4
ATC
Amino acid: I
Fraction 0.50
Freq 23.2

Mus musculus (Mamalian/NSO): (Genetic code: Standard)

Print-friendly 2-column table in genetic code order. Frequency is shown per 1,000 codons.
TripletAmino acidFractionFrequency/ThousandNumberTripletAmino acidFractionFrequency/ThousandNumber
TTT
TTC
TTA
TTG
F
F
L
L
0.43
0.57
0.06
0.13
17.1
22.3
6.5
13.3
244,935
319,002
92,974
189,840
TCT
TCC
TCA
TCG
S
S
S
S
0.19
0.22
0.14
0.05
15.9
18.1
11.6
4.3
228,046
258,787
165,371
61,116
TAT
TAC
TAA
TAG
Y
Y
*
*
0.43
0.58
0.26
0.22
12.2
16.5
0.6
0.5
175,198
236,579
8,861
7,491
TGT
TGC
TGA
TGG
C
C
*
W
0.48
0.52
0.52
1.00
11.1
12.1
1.2
12.4
158,573
173,509
17,004
177,261
CTT
CTC
CTA
CTG
L
L
L
L
0.13
0.20
0.08
0.39
13.2
20.3
8.0
40.0
188,236
290,198
114,707
571,592
CCT
CCC
CCA
CCG
P
P
P
P
0.30
0.31
0.28
0.10
18.3
18.4
17.1
6.3
261,478
262,874
244,064
89,477
CAT
CAC
CAA
CAG
H
H
Q
Q
0.40
0.60
0.25
0.75
10.2
15.2
11.4
34.0
145,279
217,261
163,794
486,041
CGT
CGC
CGA
CGG
R
R
R
R
0.09
0.18
0.12
0.19
4.7
9.5
6.6
10.3
66,962
136,330
94,626
147,905
ATT
ATC
ATA
ATG
I
I
I
M
0.34
0.50
0.16
1.00
15.6
23.2
7.2
23.1
223,528
332,072
103,441
330,431
ACT
ACC
ACA
ACG
T
T
T
T
0.25
0.35
0.29
0.11
13.6
19.2
15.9
5.8
194,120
274,588
227,958
82,653
AAT
AAC
AAA
AAG
N
N
K
K
0.43
0.57
0.39
0.61
15.5
20.7
21.3
33.7
221,760
296,083
305,128
482,643
AGT
AGC
AGA
AGG
S
S
R
R
0.15
0.24
0.21
0.22
12.3
19.5
11.4
11.7
176,056
279,098
163,062
167,166
GTT
GTC
GTA
GTG
V
V
V
V
0.17
0.25
0.12
0.46
10.7
15.7
7.4
29.1
152,706
224,465
105,532
416,428
GCT
GCC
GCA
GCG
A
A
A
A
0.29
0.38
0.23
0.10
20.1
26.4
15.8
6.6
288,132
378,142
226,309
94,463
GAT
GAC
GAA
GAG
D
D
E
E
0.44
0.56
0.40
0.60
21.1
26.6
26.5
39.4
301,359
380,355
379,216
563,999
GGT
GGC
GGA
GGG
G
G
G
G
0.18
0.33
0.26
0.23
11.5
21.9
16.9
15.4
164,971
312,846
241,435
220,474
Showing 64 entries for Mus musculus (Mamalian/NSO).
Frequency is measured per 1,000 codons. Fraction compares codons that encode the same amino acid.

这个表适合回答的问题

在 Mus musculus 中哪些密码子最常用？
同一氨基酸的同义密码子中，Mus musculus 更偏好哪一个？
哪些密码子可能需要在表达设计前重点检查？

如何使用这个页面

先用摘要卡片快速找到最常用和最高 fraction 的密码子。
需要比较 frequency、fraction 或 count 时，在完整表格中切换排序。
如果要切换物种或搜索密码子/氨基酸，请使用完整的 密码子使用频率表。

常见问题

Mus musculus中最常用的密码子有哪些？

查看“最常用密码子”区域，可以按每 1,000 个密码子的出现频率判断 Mus musculus 中哪些密码子最常见。

Mus musculus的同义密码子偏好怎么看？

查看“最高 fraction 密码子”区域，可以比较编码同一氨基酸的同义密码子中哪一个更常被使用。

codon frequency 和 fraction 有什么区别？

frequency 表示每 1,000 个密码子中的出现次数；fraction 表示该密码子在同一氨基酸的同义密码子集合中所占比例。

这个表可以直接用于密码子优化吗？

这个表适合初步查看密码子偏好，但实际表达设计还应结合宿主、载体、mRNA 结构、基因区域和实验条件综合判断。