大肠杆菌密码子使用频率表
查看 大肠杆菌（Escherichia coli） 的密码子使用频率、每 1,000 个密码子的出现频率、同义密码子 fraction 以及常用密码子偏好。
使用 frequency 查找该物种中最常见的密码子；使用 fraction 比较同一氨基酸家族内的同义密码子偏好。
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These settings control the summary cards and the full codon usage table below.
Top Codons by Frequency
Codons ranked by frequency per 1,000 codons in the selected organism.
CTG
Amino acid: L
Fraction 0.47
Freq 48.4
GAA
Amino acid: E
Fraction 0.68
Freq 39.1
AAA
Amino acid: K
Fraction 0.74
Freq 35.3
GAT
Amino acid: D
Fraction 0.63
Freq 32.7
GCG
Amino acid: A
Fraction 0.33
Freq 30.1
ATT
Amino acid: I
Fraction 0.49
Freq 29.8
CAG
Amino acid: Q
Fraction 0.66
Freq 28.4
GGC
Amino acid: G
Fraction 0.37
Freq 27.1
Top Codons by Fraction
Synonymous codons ranked by fraction. Stop codons and single-codon amino acids are excluded.
AAA
Amino acid: K
Fraction 0.74
Freq 35.3
GAA
Amino acid: E
Fraction 0.68
Freq 39.1
CAG
Amino acid: Q
Fraction 0.66
Freq 28.4
GAT
Amino acid: D
Fraction 0.63
Freq 32.7
TAT
Amino acid: Y
Fraction 0.59
Freq 17.5
TTT
Amino acid: F
Fraction 0.58
Freq 22.1
CAT
Amino acid: H
Fraction 0.57
Freq 12.5
TGC
Amino acid: C
Fraction 0.54
Freq 6.1
Preferred Codons by Amino Acid
One preferred codon per amino acid, ranked by frequency to surface practical defaults.
CTG
Amino acid: L
Fraction 0.47
Freq 48.4
GAA
Amino acid: E
Fraction 0.68
Freq 39.1
AAA
Amino acid: K
Fraction 0.74
Freq 35.3
GAT
Amino acid: D
Fraction 0.63
Freq 32.7
GCG
Amino acid: A
Fraction 0.33
Freq 30.1
ATT
Amino acid: I
Fraction 0.49
Freq 29.8
CAG
Amino acid: Q
Fraction 0.66
Freq 28.4
GGC
Amino acid: G
Fraction 0.37
Freq 27.1
Escherichia coli (E.coli): (Genetic code: Standard)
Print-friendly 2-column table in genetic code order. Frequency is shown per 1,000 codons.
| Triplet | Amino acid | Fraction | Frequency/Thousand | Number | Triplet | Amino acid | Fraction | Frequency/Thousand | Number |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
TTT TTC TTA TTG | F F L L | 0.58 0.42 0.14 0.13 | 22.1 16.0 14.3 13.0 | 80,995 58,774 52,382 47,500 | TCT TCC TCA TCG | S S S S | 0.17 0.15 0.14 0.14 | 10.4 9.1 8.9 8.5 | 38,027 33,430 32,715 31,146 |
TAT TAC TAA TAG | Y Y * * | 0.59 0.41 0.61 0.09 | 17.5 12.2 2.0 0.3 | 63,937 44,631 7,356 989 | TGT TGC TGA TGG | C C * W | 0.46 0.54 0.30 1.00 | 5.2 6.1 1.0 13.9 | 19,138 22,188 3,623 50,991 |
CTT CTC CTA CTG | L L L L | 0.12 0.10 0.04 0.47 | 11.9 10.2 4.2 48.4 | 43,449 37,347 15,409 177,210 | CCT CCC CCA CCG | P P P P | 0.18 0.13 0.20 0.49 | 7.5 5.4 8.6 20.9 | 27,340 19,666 31,534 76,644 |
CAT CAC CAA CAG | H H Q Q | 0.57 0.43 0.34 0.66 | 12.5 9.3 14.6 28.4 | 45,879 34,078 53,394 104,171 | CGT CGC CGA CGG | R R R R | 0.36 0.36 0.07 0.11 | 20.0 19.7 3.8 5.9 | 73,197 72,212 13,844 21,552 |
ATT ATC ATA ATG | I I I M | 0.49 0.39 0.11 1.00 | 29.8 23.7 6.8 26.4 | 109,072 86,796 24,984 96,695 | ACT ACC ACA ACG | T T T T | 0.19 0.40 0.17 0.25 | 10.3 22.0 9.3 13.7 | 37,842 80,547 33,910 50,269 |
AAT AAC AAA AAG | N N K K | 0.49 0.51 0.74 0.26 | 20.6 21.4 35.3 12.4 | 75,436 78,443 129,137 45,459 | AGT AGC AGA AGG | S S R R | 0.16 0.25 0.07 0.04 | 9.9 15.2 3.6 2.1 | 36,097 55,551 13,152 7,607 |
GTT GTC GTA GTG | V V V V | 0.28 0.20 0.17 0.35 | 19.8 14.3 11.6 24.4 | 72,584 52,439 42,420 89,265 | GCT GCC GCA GCG | A A A A | 0.18 0.26 0.23 0.33 | 17.1 24.2 21.2 30.1 | 62,479 88,721 77,547 110,308 |
GAT GAC GAA GAG | D D E E | 0.63 0.37 0.68 0.32 | 32.7 19.2 39.1 18.7 | 119,939 70,394 143,353 68,609 | GGT GGC GGA GGG | G G G G | 0.35 0.37 0.13 0.15 | 25.5 27.1 9.5 11.3 | 93,325 99,390 34,799 41,277 |
Showing 64 entries for Escherichia coli (E.coli).
Frequency is measured per 1,000 codons. Fraction compares codons that encode the same amino acid.
这个表适合回答的问题
在 Escherichia coli 中哪些密码子最常用？
同一氨基酸的同义密码子中，Escherichia coli 更偏好哪一个？
哪些密码子可能需要在表达设计前重点检查？
如何使用这个页面
先用摘要卡片快速找到最常用和最高 fraction 的密码子。
需要比较 frequency、fraction 或 count 时，在完整表格中切换排序。
如果要切换物种或搜索密码子/氨基酸，请使用完整的 密码子使用频率表。
常见问题
大肠杆菌中最常用的密码子有哪些？
查看“最常用密码子”区域，可以按每 1,000 个密码子的出现频率判断 大肠杆菌（Escherichia coli） 中哪些密码子最常见。
大肠杆菌的同义密码子偏好怎么看？
查看“最高 fraction 密码子”区域，可以比较编码同一氨基酸的同义密码子中哪一个更常被使用。
codon frequency 和 fraction 有什么区别？
frequency 表示每 1,000 个密码子中的出现次数；fraction 表示该密码子在同一氨基酸的同义密码子集合中所占比例。
这个表可以直接用于密码子优化吗？
这个表适合初步查看密码子偏好，但实际表达设计还应结合宿主、载体、mRNA 结构、基因区域和实验条件综合判断。