CodonTableCodonTable

Pichia pastoris密码子使用频率表

查看 Pichia pastoris 的密码子使用频率、每 1,000 个密码子的出现频率、同义密码子 fraction 以及常用密码子偏好。

使用 frequency 查找该物种中最常见的密码子；使用 fraction 比较同一氨基酸家族内的同义密码子偏好。

大肠杆菌酵母拟南芥Caenorhabditis elegansCricetulus griseusDrosophila melanogaster人类Spodoptera frugiperdaMus musculusNicotiana tabacumPichia pastorisSus scrofaRattus norvegicusStreptomycesZea mays

Choose Organism and Display

These settings control the summary cards and the full codon usage table below.

Top Codons by Frequency

Codons ranked by frequency per 1,000 codons in the selected organism.
GAA
Amino acid: E
Fraction 0.58
Freq 40.2
GAT
Amino acid: D
Fraction 0.59
Freq 37.2
AAG
Amino acid: K
Fraction 0.53
Freq 34.4
ATT
Amino acid: I
Fraction 0.51
Freq 31.7
TTG
Amino acid: L
Fraction 0.33
Freq 31.4
AAA
Amino acid: K
Fraction 0.47
Freq 30.2
GCT
Amino acid: A
Fraction 0.45
Freq 29.6
GAG
Amino acid: E
Fraction 0.42
Freq 29.6

Top Codons by Fraction

Synonymous codons ranked by fraction. Stop codons and single-codon amino acids are excluded.
TGT
Amino acid: C
Fraction 0.65
Freq 8.3
CAA
Amino acid: Q
Fraction 0.62
Freq 23.9
GAT
Amino acid: D
Fraction 0.59
Freq 37.2
GAA
Amino acid: E
Fraction 0.58
Freq 40.2
TTT
Amino acid: F
Fraction 0.56
Freq 23.9
TAC
Amino acid: Y
Fraction 0.55
Freq 18.3
CAT
Amino acid: H
Fraction 0.54
Freq 10.5
AAG
Amino acid: K
Fraction 0.53
Freq 34.4

Preferred Codons by Amino Acid

One preferred codon per amino acid, ranked by frequency to surface practical defaults.
GAA
Amino acid: E
Fraction 0.58
Freq 40.2
GAT
Amino acid: D
Fraction 0.59
Freq 37.2
AAG
Amino acid: K
Fraction 0.53
Freq 34.4
ATT
Amino acid: I
Fraction 0.51
Freq 31.7
TTG
Amino acid: L
Fraction 0.33
Freq 31.4
GCT
Amino acid: A
Fraction 0.45
Freq 29.6
GTT
Amino acid: V
Fraction 0.42
Freq 26.7
GGT
Amino acid: G
Fraction 0.43
Freq 26.6

Pichia pastoris (Yeast): (Genetic code: Standard)

Print-friendly 2-column table in genetic code order. Frequency is shown per 1,000 codons.
TripletAmino acidFractionFrequency/ThousandNumberTripletAmino acidFractionFrequency/ThousandNumber
TTT
TTC
TTA
TTG
F
F
L
L
0.56
0.44
0.15
0.33
23.9
19.1
14.9
31.4
1,013
810
634
1,332
TCT
TCC
TCA
TCG
S
S
S
S
0.29
0.20
0.19
0.09
23.5
16.3
15.6
7.2
996
693
663
305
TAT
TAC
TAA
TAG
Y
Y
*
*
0.45
0.55
0.53
0.29
14.7
18.3
0.9
0.5
622
777
38
21
TGT
TGC
TGA
TGG
C
C
*
W
0.65
0.35
0.18
1.00
8.3
4.5
0.3
9.9
353
191
13
418
CTT
CTC
CTA
CTG
L
L
L
L
0.17
0.08
0.12
0.16
16.0
7.6
11.2
15.3
677
321
475
648
CCT
CCC
CCA
CCG
P
P
P
P
0.35
0.16
0.40
0.10
15.3
6.7
17.1
4.1
648
285
725
172
CAT
CAC
CAA
CAG
H
H
Q
Q
0.54
0.46
0.62
0.38
10.5
8.9
23.9
14.5
447
378
1,015
616
CGT
CGC
CGA
CGG
R
R
R
R
0.16
0.05
0.11
0.05
6.9
2.3
4.6
2.2
291
99
195
93
ATT
ATC
ATA
ATG
I
I
I
M
0.51
0.31
0.18
1.00
31.7
19.3
11.5
19.2
1,347
819
486
813
ACT
ACC
ACA
ACG
T
T
T
T
0.40
0.24
0.25
0.11
23.3
13.7
14.3
6.3
989
580
605
267
AAT
AAC
AAA
AAG
N
N
K
K
0.48
0.52
0.47
0.53
23.5
25.7
30.2
34.4
998
1,090
1,280
1,460
AGT
AGC
AGA
AGG
S
S
R
R
0.15
0.09
0.47
0.16
12.1
7.4
19.9
6.6
514
315
846
281
GTT
GTC
GTA
GTG
V
V
V
V
0.42
0.23
0.16
0.20
26.7
14.5
10.1
12.8
1,131
615
430
543
GCT
GCC
GCA
GCG
A
A
A
A
0.45
0.25
0.24
0.06
29.6
16.7
15.9
3.7
1,256
707
675
158
GAT
GAC
GAA
GAG
D
D
E
E
0.59
0.41
0.58
0.42
37.2
26.2
40.2
29.6
1,578
1,110
1,706
1,255
GGT
GGC
GGA
GGG
G
G
G
G
0.43
0.14
0.32
0.10
26.6
8.6
20.0
6.4
1,130
365
849
271
Showing 64 entries for Pichia pastoris (Yeast).
Frequency is measured per 1,000 codons. Fraction compares codons that encode the same amino acid.

这个表适合回答的问题

在 Pichia pastoris 中哪些密码子最常用？
同一氨基酸的同义密码子中，Pichia pastoris 更偏好哪一个？
哪些密码子可能需要在表达设计前重点检查？

如何使用这个页面

先用摘要卡片快速找到最常用和最高 fraction 的密码子。
需要比较 frequency、fraction 或 count 时，在完整表格中切换排序。
如果要切换物种或搜索密码子/氨基酸，请使用完整的 密码子使用频率表。

常见问题

Pichia pastoris中最常用的密码子有哪些？

查看“最常用密码子”区域，可以按每 1,000 个密码子的出现频率判断 Pichia pastoris 中哪些密码子最常见。

Pichia pastoris的同义密码子偏好怎么看？

查看“最高 fraction 密码子”区域，可以比较编码同一氨基酸的同义密码子中哪一个更常被使用。

codon frequency 和 fraction 有什么区别？

frequency 表示每 1,000 个密码子中的出现次数；fraction 表示该密码子在同一氨基酸的同义密码子集合中所占比例。

这个表可以直接用于密码子优化吗？

这个表适合初步查看密码子偏好，但实际表达设计还应结合宿主、载体、mRNA 结构、基因区域和实验条件综合判断。