Caenorhabditis elegans密码子使用频率表
查看 Caenorhabditis elegans 的密码子使用频率、每 1,000 个密码子的出现频率、同义密码子 fraction 以及常用密码子偏好。
使用 frequency 查找该物种中最常见的密码子；使用 fraction 比较同一氨基酸家族内的同义密码子偏好。
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These settings control the summary cards and the full codon usage table below.
Top Codons by Frequency
Codons ranked by frequency per 1,000 codons in the selected organism.
GAA
Amino acid: E
Fraction 0.62
Freq 40.6
AAA
Amino acid: K
Fraction 0.59
Freq 37.9
GAT
Amino acid: D
Fraction 0.68
Freq 35.5
ATT
Amino acid: I
Fraction 0.53
Freq 32.4
GGA
Amino acid: G
Fraction 0.59
Freq 31.5
AAT
Amino acid: N
Fraction 0.62
Freq 30.3
CAA
Amino acid: Q
Fraction 0.66
Freq 27.2
AAG
Amino acid: K
Fraction 0.41
Freq 26.0
Top Codons by Fraction
Synonymous codons ranked by fraction. Stop codons and single-codon amino acids are excluded.
GAT
Amino acid: D
Fraction 0.68
Freq 35.5
CAA
Amino acid: Q
Fraction 0.66
Freq 27.2
GAA
Amino acid: E
Fraction 0.62
Freq 40.6
AAT
Amino acid: N
Fraction 0.62
Freq 30.3
CAT
Amino acid: H
Fraction 0.61
Freq 14.1
AAA
Amino acid: K
Fraction 0.59
Freq 37.9
GGA
Amino acid: G
Fraction 0.59
Freq 31.5
TAT
Amino acid: Y
Fraction 0.56
Freq 17.6
Preferred Codons by Amino Acid
One preferred codon per amino acid, ranked by frequency to surface practical defaults.
GAA
Amino acid: E
Fraction 0.62
Freq 40.6
AAA
Amino acid: K
Fraction 0.59
Freq 37.9
GAT
Amino acid: D
Fraction 0.68
Freq 35.5
ATT
Amino acid: I
Fraction 0.53
Freq 32.4
GGA
Amino acid: G
Fraction 0.59
Freq 31.5
AAT
Amino acid: N
Fraction 0.62
Freq 30.3
CAA
Amino acid: Q
Fraction 0.66
Freq 27.2
ATG
Amino acid: M
Fraction 1.00
Freq 25.9
Caenorhabditis elegans: (Genetic code: Standard)
Print-friendly 2-column table in genetic code order. Frequency is shown per 1,000 codons.
| Triplet | Amino acid | Fraction | Frequency/Thousand | Number | Triplet | Amino acid | Fraction | Frequency/Thousand | Number |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
TTT TTC TTA TTG | F F L L | 0.50 0.50 0.12 0.23 | 23.9 24.0 10.2 20.1 | 253,139 253,770 107,678 212,079 | TCT TCC TCA TCG | S S S S | 0.21 0.13 0.25 0.15 | 16.8 10.7 20.4 12.1 | 177,232 112,689 215,921 127,964 |
TAT TAC TAA TAG | Y Y * * | 0.56 0.44 0.44 0.17 | 17.6 13.7 1.6 0.6 | 185,598 145,166 16,504 6,683 | TGT TGC TGA TGG | C C * W | 0.55 0.45 0.39 1.00 | 11.2 9.1 1.4 11.0 | 118,546 95,986 14,942 116,700 |
CTT CTC CTA CTG | L L L L | 0.24 0.17 0.09 0.14 | 21.1 14.9 7.9 12.1 | 223,106 157,716 83,312 128,045 | CCT CCC CCA CCG | P P P P | 0.18 0.09 0.53 0.20 | 8.9 4.5 25.9 9.6 | 93,596 47,421 273,982 101,820 |
CAT CAC CAA CAG | H H Q Q | 0.61 0.39 0.66 0.34 | 14.1 9.2 27.2 14.2 | 148,752 97,770 287,219 150,209 | CGT CGC CGA CGG | R R R R | 0.21 0.10 0.23 0.09 | 11.3 5.2 11.9 4.7 | 119,070 54,826 126,093 49,450 |
ATT ATC ATA ATG | I I I M | 0.53 0.31 0.16 1.00 | 32.4 18.9 9.6 25.9 | 342,216 200,325 101,184 274,027 | ACT ACC ACA ACG | T T T T | 0.33 0.18 0.34 0.15 | 18.9 10.5 19.8 8.9 | 199,854 110,926 209,655 93,703 |
AAT AAC AAA AAG | N N K K | 0.62 0.38 0.59 0.41 | 30.3 18.4 37.9 26.0 | 319,819 194,728 400,356 274,667 | AGT AGC AGA AGG | S S R R | 0.15 0.10 0.29 0.08 | 12.1 8.3 15.5 4.0 | 127,651 87,812 163,895 42,185 |
GTT GTC GTA GTG | V V V V | 0.39 0.22 0.16 0.23 | 24.0 13.6 9.9 14.3 | 253,488 143,320 104,173 151,285 | GCT GCC GCA GCG | A A A A | 0.36 0.20 0.31 0.13 | 22.3 12.6 19.6 8.2 | 235,555 133,544 207,269 86,490 |
GAT GAC GAA GAG | D D E E | 0.68 0.33 0.62 0.38 | 35.5 17.1 40.6 24.4 | 375,420 181,100 429,632 258,278 | GGT GGC GGA GGG | G G G G | 0.20 0.12 0.59 0.08 | 11.0 6.7 31.5 4.5 | 116,505 70,868 332,512 47,074 |
Showing 64 entries for Caenorhabditis elegans.
Frequency is measured per 1,000 codons. Fraction compares codons that encode the same amino acid.
这个表适合回答的问题
在 Caenorhabditis elegans 中哪些密码子最常用？
同一氨基酸的同义密码子中，Caenorhabditis elegans 更偏好哪一个？
哪些密码子可能需要在表达设计前重点检查？
如何使用这个页面
先用摘要卡片快速找到最常用和最高 fraction 的密码子。
需要比较 frequency、fraction 或 count 时，在完整表格中切换排序。
如果要切换物种或搜索密码子/氨基酸，请使用完整的 密码子使用频率表。
常见问题
Caenorhabditis elegans中最常用的密码子有哪些？
查看“最常用密码子”区域，可以按每 1,000 个密码子的出现频率判断 Caenorhabditis elegans 中哪些密码子最常见。
Caenorhabditis elegans的同义密码子偏好怎么看？
查看“最高 fraction 密码子”区域，可以比较编码同一氨基酸的同义密码子中哪一个更常被使用。
codon frequency 和 fraction 有什么区别？
frequency 表示每 1,000 个密码子中的出现次数；fraction 表示该密码子在同一氨基酸的同义密码子集合中所占比例。
这个表可以直接用于密码子优化吗？
这个表适合初步查看密码子偏好，但实际表达设计还应结合宿主、载体、mRNA 结构、基因区域和实验条件综合判断。