Drosophila melanogaster密码子使用频率表
查看 Drosophila melanogaster 的密码子使用频率、每 1,000 个密码子的出现频率、同义密码子 fraction 以及常用密码子偏好。
使用 frequency 查找该物种中最常见的密码子；使用 fraction 比较同一氨基酸家族内的同义密码子偏好。
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These settings control the summary cards and the full codon usage table below.
Top Codons by Frequency
Codons ranked by frequency per 1,000 codons in the selected organism.
GAG
Amino acid: E
Fraction 0.67
Freq 42.9
AAG
Amino acid: K
Fraction 0.71
Freq 39.6
CTG
Amino acid: L
Fraction 0.43
Freq 38.5
CAG
Amino acid: Q
Fraction 0.70
Freq 36.7
GCC
Amino acid: A
Fraction 0.45
Freq 33.7
GTG
Amino acid: V
Fraction 0.47
Freq 28.0
GAT
Amino acid: D
Fraction 0.53
Freq 27.4
GGC
Amino acid: G
Fraction 0.43
Freq 26.8
Top Codons by Fraction
Synonymous codons ranked by fraction. Stop codons and single-codon amino acids are excluded.
AAG
Amino acid: K
Fraction 0.71
Freq 39.6
TGC
Amino acid: C
Fraction 0.71
Freq 13.1
CAG
Amino acid: Q
Fraction 0.70
Freq 36.7
GAG
Amino acid: E
Fraction 0.67
Freq 42.9
TTC
Amino acid: F
Fraction 0.63
Freq 21.9
TAC
Amino acid: Y
Fraction 0.63
Freq 18.4
CAC
Amino acid: H
Fraction 0.60
Freq 16.0
AAC
Amino acid: N
Fraction 0.56
Freq 26.3
Preferred Codons by Amino Acid
One preferred codon per amino acid, ranked by frequency to surface practical defaults.
GAG
Amino acid: E
Fraction 0.67
Freq 42.9
AAG
Amino acid: K
Fraction 0.71
Freq 39.6
CTG
Amino acid: L
Fraction 0.43
Freq 38.5
CAG
Amino acid: Q
Fraction 0.70
Freq 36.7
GCC
Amino acid: A
Fraction 0.45
Freq 33.7
GTG
Amino acid: V
Fraction 0.47
Freq 28.0
GAT
Amino acid: D
Fraction 0.53
Freq 27.4
GGC
Amino acid: G
Fraction 0.43
Freq 26.8
Drosophila melanogaster: (Genetic code: Standard)
Print-friendly 2-column table in genetic code order. Frequency is shown per 1,000 codons.
| Triplet | Amino acid | Fraction | Frequency/Thousand | Number | Triplet | Amino acid | Fraction | Frequency/Thousand | Number |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
TTT TTC TTA TTG | F F L L | 0.37 0.63 0.05 0.18 | 13.1 21.9 4.4 16.0 | 241,160 402,987 80,654 294,929 | TCT TCC TCA TCG | S S S S | 0.08 0.24 0.09 0.20 | 6.9 19.5 7.8 16.7 | 127,758 359,352 142,775 307,642 |
TAT TAC TAA TAG | Y Y * * | 0.37 0.63 0.42 0.32 | 10.7 18.4 0.8 0.6 | 196,987 338,493 14,550 11,721 | TGT TGC TGA TGG | C C * W | 0.29 0.71 0.26 1.00 | 5.3 13.1 0.5 9.8 | 98,056 241,823 9,358 181,191 |
CTT CTC CTA CTG | L L L L | 0.10 0.15 0.09 0.43 | 8.9 13.9 8.2 38.5 | 164,079 255,170 150,674 709,057 | CCT CCC CCA CCG | P P P P | 0.13 0.33 0.25 0.29 | 6.9 18.0 13.5 16.0 | 127,584 331,799 248,604 293,998 |
CAT CAC CAA CAG | H H Q Q | 0.40 0.60 0.30 0.70 | 10.5 16.0 15.6 36.7 | 194,039 294,555 287,398 674,575 | CGT CGC CGA CGG | R R R R | 0.16 0.33 0.15 0.15 | 8.8 18.2 8.5 8.2 | 161,800 334,733 155,637 151,728 |
ATT ATC ATA ATG | I I I M | 0.34 0.47 0.19 1.00 | 16.4 22.9 9.3 23.5 | 302,063 421,851 171,610 431,822 | ACT ACC ACA ACG | T T T T | 0.17 0.38 0.19 0.26 | 9.5 21.4 10.9 14.5 | 175,261 393,516 201,178 267,095 |
AAT AAC AAA AAG | N N K K | 0.44 0.56 0.29 0.71 | 21.0 26.3 16.5 39.6 | 385,441 483,430 304,266 729,428 | AGT AGC AGA AGG | S S R R | 0.14 0.25 0.09 0.11 | 11.5 20.5 5.1 6.3 | 211,452 377,750 93,738 115,430 |
GTT GTC GTA GTG | V V V V | 0.18 0.24 0.11 0.47 | 10.9 13.9 6.3 28.0 | 200,189 254,974 116,035 514,471 | GCT GCC GCA GCG | A A A A | 0.19 0.45 0.17 0.19 | 14.4 33.7 12.7 14.1 | 265,295 620,889 234,549 259,119 |
GAT GAC GAA GAG | D D E E | 0.53 0.47 0.33 0.67 | 27.4 24.7 20.9 42.9 | 504,880 454,677 383,850 789,807 | GGT GGC GGA GGG | G G G G | 0.21 0.43 0.29 0.07 | 13.2 26.8 17.8 4.6 | 243,460 492,283 326,983 85,472 |
Showing 64 entries for Drosophila melanogaster.
Frequency is measured per 1,000 codons. Fraction compares codons that encode the same amino acid.
这个表适合回答的问题
在 Drosophila melanogaster 中哪些密码子最常用？
同一氨基酸的同义密码子中，Drosophila melanogaster 更偏好哪一个？
哪些密码子可能需要在表达设计前重点检查？
如何使用这个页面
先用摘要卡片快速找到最常用和最高 fraction 的密码子。
需要比较 frequency、fraction 或 count 时，在完整表格中切换排序。
如果要切换物种或搜索密码子/氨基酸，请使用完整的 密码子使用频率表。
常见问题
Drosophila melanogaster中最常用的密码子有哪些？
查看“最常用密码子”区域，可以按每 1,000 个密码子的出现频率判断 Drosophila melanogaster 中哪些密码子最常见。
Drosophila melanogaster的同义密码子偏好怎么看？
查看“最高 fraction 密码子”区域，可以比较编码同一氨基酸的同义密码子中哪一个更常被使用。
codon frequency 和 fraction 有什么区别？
frequency 表示每 1,000 个密码子中的出现次数；fraction 表示该密码子在同一氨基酸的同义密码子集合中所占比例。
这个表可以直接用于密码子优化吗？
这个表适合初步查看密码子偏好，但实际表达设计还应结合宿主、载体、mRNA 结构、基因区域和实验条件综合判断。