Nicotiana tabacum密码子使用频率表
查看 Nicotiana tabacum 的密码子使用频率、每 1,000 个密码子的出现频率、同义密码子 fraction 以及常用密码子偏好。
使用 frequency 查找该物种中最常见的密码子；使用 fraction 比较同一氨基酸家族内的同义密码子偏好。
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These settings control the summary cards and the full codon usage table below.
Top Codons by Frequency
Codons ranked by frequency per 1,000 codons in the selected organism.
GAT
Amino acid: D
Fraction 0.68
Freq 36.7
GAA
Amino acid: E
Fraction 0.55
Freq 35.0
AAG
Amino acid: K
Fraction 0.51
Freq 33.9
AAA
Amino acid: K
Fraction 0.49
Freq 32.3
GCT
Amino acid: A
Fraction 0.44
Freq 32.0
GAG
Amino acid: E
Fraction 0.45
Freq 29.1
AAT
Amino acid: N
Fraction 0.60
Freq 27.4
ATT
Amino acid: I
Fraction 0.50
Freq 27.3
Top Codons by Fraction
Synonymous codons ranked by fraction. Stop codons and single-codon amino acids are excluded.
GAT
Amino acid: D
Fraction 0.68
Freq 36.7
CAT
Amino acid: H
Fraction 0.61
Freq 13.3
AAT
Amino acid: N
Fraction 0.60
Freq 27.4
TTT
Amino acid: F
Fraction 0.58
Freq 24.4
CAA
Amino acid: Q
Fraction 0.58
Freq 21.3
TAT
Amino acid: Y
Fraction 0.57
Freq 17.8
TGT
Amino acid: C
Fraction 0.57
Freq 9.9
GAA
Amino acid: E
Fraction 0.55
Freq 35.0
Preferred Codons by Amino Acid
One preferred codon per amino acid, ranked by frequency to surface practical defaults.
GAT
Amino acid: D
Fraction 0.68
Freq 36.7
GAA
Amino acid: E
Fraction 0.55
Freq 35.0
AAG
Amino acid: K
Fraction 0.51
Freq 33.9
GCT
Amino acid: A
Fraction 0.44
Freq 32.0
AAT
Amino acid: N
Fraction 0.60
Freq 27.4
ATT
Amino acid: I
Fraction 0.50
Freq 27.3
GTT
Amino acid: V
Fraction 0.41
Freq 27.0
ATG
Amino acid: M
Fraction 1.00
Freq 24.8
Nicotiana tabacum (Tobacco): (Genetic code: Standard)
Print-friendly 2-column table in genetic code order. Frequency is shown per 1,000 codons.
| Triplet | Amino acid | Fraction | Frequency/Thousand | Number | Triplet | Amino acid | Fraction | Frequency/Thousand | Number |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
TTT TTC TTA TTG | F F L L | 0.58 0.42 0.14 0.24 | 24.4 17.8 12.5 21.9 | 10,395 7,569 5,334 9,315 | TCT TCC TCA TCG | S S S S | 0.26 0.14 0.23 0.07 | 20.3 10.7 17.7 5.4 | 8,634 4,542 7,543 2,290 |
TAT TAC TAA TAG | Y Y * * | 0.57 0.43 0.41 0.19 | 17.8 13.5 1.1 0.5 | 7,573 5,737 486 224 | TGT TGC TGA TGG | C C * W | 0.57 0.43 0.41 1.00 | 9.9 7.6 1.1 11.6 | 4,233 3,225 455 4,921 |
CTT CTC CTA CTG | L L L L | 0.26 0.14 0.10 0.12 | 23.7 12.2 9.2 10.4 | 10,079 5,176 3,935 4,431 | CCT CCC CCA CCG | P P P P | 0.37 0.13 0.40 0.10 | 18.8 6.7 20.0 4.9 | 8,012 2,862 8,540 2,098 |
CAT CAC CAA CAG | H H Q Q | 0.61 0.39 0.58 0.42 | 13.3 8.6 21.3 15.5 | 5,650 3,672 9,069 6,618 | CGT CGC CGA CGG | R R R R | 0.15 0.08 0.11 0.08 | 7.4 4.0 5.1 3.7 | 3,173 1,688 2,179 1,573 |
ATT ATC ATA ATG | I I I M | 0.50 0.25 0.25 1.00 | 27.3 13.7 13.9 24.8 | 11,626 5,823 5,914 10,543 | ACT ACC ACA ACG | T T T T | 0.39 0.19 0.33 0.09 | 20.8 10.0 17.4 4.6 | 8,844 4,251 7,420 1,946 |
AAT AAC AAA AAG | N N K K | 0.60 0.40 0.49 0.51 | 27.4 18.6 32.3 33.9 | 11,684 7,922 13,750 14,437 | AGT AGC AGA AGG | S S R R | 0.17 0.13 0.32 0.26 | 13.3 10.0 15.5 12.5 | 5,657 4,262 6,586 5,309 |
GTT GTC GTA GTG | V V V V | 0.41 0.17 0.17 0.25 | 27.0 11.4 11.2 16.6 | 11,505 4,855 4,755 7,057 | GCT GCC GCA GCG | A A A A | 0.44 0.17 0.31 0.08 | 32.0 12.6 23.0 5.8 | 13,610 5,373 9,805 2,490 |
GAT GAC GAA GAG | D D E E | 0.68 0.32 0.55 0.45 | 36.7 16.9 35.0 29.1 | 15,612 7,219 14,896 12,401 | GGT GGC GGA GGG | G G G G | 0.34 0.17 0.34 0.15 | 23.1 11.4 23.5 10.5 | 9,831 4,854 10,006 4,482 |
Showing 64 entries for Nicotiana tabacum (Tobacco).
Frequency is measured per 1,000 codons. Fraction compares codons that encode the same amino acid.
这个表适合回答的问题
在 Nicotiana tabacum 中哪些密码子最常用？
同一氨基酸的同义密码子中，Nicotiana tabacum 更偏好哪一个？
哪些密码子可能需要在表达设计前重点检查？
如何使用这个页面
先用摘要卡片快速找到最常用和最高 fraction 的密码子。
需要比较 frequency、fraction 或 count 时，在完整表格中切换排序。
如果要切换物种或搜索密码子/氨基酸，请使用完整的 密码子使用频率表。
常见问题
Nicotiana tabacum中最常用的密码子有哪些？
查看“最常用密码子”区域，可以按每 1,000 个密码子的出现频率判断 Nicotiana tabacum 中哪些密码子最常见。
Nicotiana tabacum的同义密码子偏好怎么看？
查看“最高 fraction 密码子”区域，可以比较编码同一氨基酸的同义密码子中哪一个更常被使用。
codon frequency 和 fraction 有什么区别？
frequency 表示每 1,000 个密码子中的出现次数；fraction 表示该密码子在同一氨基酸的同义密码子集合中所占比例。
这个表可以直接用于密码子优化吗？
这个表适合初步查看密码子偏好，但实际表达设计还应结合宿主、载体、mRNA 结构、基因区域和实验条件综合判断。