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Rattus norvegicus密码子使用频率表

查看 Rattus norvegicus 的密码子使用频率、每 1,000 个密码子的出现频率、同义密码子 fraction 以及常用密码子偏好。

使用 frequency 查找该物种中最常见的密码子；使用 fraction 比较同一氨基酸家族内的同义密码子偏好。

大肠杆菌酵母拟南芥Caenorhabditis elegansCricetulus griseusDrosophila melanogaster人类Spodoptera frugiperdaMus musculusNicotiana tabacumPichia pastorisSus scrofaRattus norvegicusStreptomycesZea mays

Choose Organism and Display

These settings control the summary cards and the full codon usage table below.

Top Codons by Frequency

Codons ranked by frequency per 1,000 codons in the selected organism.
CTG
Amino acid: L
Fraction 0.42
Freq 41.2
GAG
Amino acid: E
Fraction 0.61
Freq 40.5
AAG
Amino acid: K
Fraction 0.63
Freq 35.0
CAG
Amino acid: Q
Fraction 0.75
Freq 33.0
GTG
Amino acid: V
Fraction 0.47
Freq 30.4
GAC
Amino acid: D
Fraction 0.58
Freq 28.4
GCC
Amino acid: A
Fraction 0.40
Freq 27.6
GAA
Amino acid: E
Fraction 0.39
Freq 26.3

Top Codons by Fraction

Synonymous codons ranked by fraction. Stop codons and single-codon amino acids are excluded.
CAG
Amino acid: Q
Fraction 0.75
Freq 33.0
AAG
Amino acid: K
Fraction 0.63
Freq 35.0
CAC
Amino acid: H
Fraction 0.62
Freq 14.9
GAG
Amino acid: E
Fraction 0.61
Freq 40.5
AAC
Amino acid: N
Fraction 0.60
Freq 22.5
TAC
Amino acid: Y
Fraction 0.60
Freq 17.6
TTC
Amino acid: F
Fraction 0.59
Freq 24.0
GAC
Amino acid: D
Fraction 0.58
Freq 28.4

Preferred Codons by Amino Acid

One preferred codon per amino acid, ranked by frequency to surface practical defaults.
CTG
Amino acid: L
Fraction 0.42
Freq 41.2
GAG
Amino acid: E
Fraction 0.61
Freq 40.5
AAG
Amino acid: K
Fraction 0.63
Freq 35.0
CAG
Amino acid: Q
Fraction 0.75
Freq 33.0
GTG
Amino acid: V
Fraction 0.47
Freq 30.4
GAC
Amino acid: D
Fraction 0.58
Freq 28.4
GCC
Amino acid: A
Fraction 0.40
Freq 27.6
ATC
Amino acid: I
Fraction 0.54
Freq 25.6

Rattus norvegicus (Rat): (Genetic code: Standard)

Print-friendly 2-column table in genetic code order. Frequency is shown per 1,000 codons.
TripletAmino acidFractionFrequency/ThousandNumberTripletAmino acidFractionFrequency/ThousandNumber
TTT
TTC
TTA
TTG
F
F
L
L
0.41
0.59
0.06
0.12
16.5
24.0
5.6
12.4
67,342
97,917
22,946
50,586
TCT
TCC
TCA
TCG
S
S
S
S
0.18
0.23
0.14
0.06
14.5
18.1
10.7
4.4
59,379
73,906
43,498
17,938
TAT
TAC
TAA
TAG
Y
Y
*
*
0.40
0.60
0.27
0.23
11.7
17.6
0.6
0.5
47,581
71,817
2,487
2,003
TGT
TGC
TGA
TGG
C
C
*
W
0.45
0.56
0.50
1.00
9.7
12.1
1.1
13.3
39,593
49,606
4,323
54,121
CTT
CTC
CTA
CTG
L
L
L
L
0.12
0.21
0.07
0.42
12.1
20.7
7.3
41.2
49,547
84,406
29,920
168,065
CCT
CCC
CCA
CCG
P
P
P
P
0.30
0.32
0.27
0.11
17.1
18.3
15.8
6.4
69,680
74,530
64,570
26,151
CAT
CAC
CAA
CAG
H
H
Q
Q
0.38
0.62
0.25
0.75
9.2
14.9
10.8
33.0
37,758
60,682
44,091
134,878
CGT
CGC
CGA
CGG
R
R
R
R
0.09
0.18
0.12
0.20
4.9
10.0
6.6
10.7
20,024
41,025
27,045
43,511
ATT
ATC
ATA
ATG
I
I
I
M
0.32
0.54
0.14
1.00
15.5
25.6
6.7
23.7
63,414
104,432
27,251
96,623
ACT
ACC
ACA
ACG
T
T
T
T
0.23
0.37
0.28
0.12
12.8
20.3
15.1
6.4
52,394
82,782
61,774
26,019
AAT
AAC
AAA
AAG
N
N
K
K
0.40
0.60
0.37
0.63
15.1
22.5
20.8
35.0
61,847
92,081
84,916
142,997
AGT
AGC
AGA
AGG
S
S
R
R
0.15
0.25
0.20
0.21
11.6
19.4
10.6
11.5
47,538
79,105
43,324
47,066
GTT
GTC
GTA
GTG
V
V
V
V
0.16
0.26
0.11
0.47
10.2
16.7
7.0
30.4
41,475
68,342
28,503
124,205
GCT
GCC
GCA
GCG
A
A
A
A
0.28
0.40
0.22
0.10
19.5
27.6
15.3
6.9
79,794
112,838
62,476
28,040
GAT
GAC
GAA
GAG
D
D
E
E
0.42
0.58
0.39
0.61
20.8
28.4
26.3
40.5
84,969
116,171
107,203
165,509
GGT
GGC
GGA
GGG
G
G
G
G
0.17
0.34
0.25
0.24
11.3
22.4
16.6
15.8
46,093
91,387
67,691
64,344
Showing 64 entries for Rattus norvegicus (Rat).
Frequency is measured per 1,000 codons. Fraction compares codons that encode the same amino acid.

这个表适合回答的问题

在 Rattus norvegicus 中哪些密码子最常用？
同一氨基酸的同义密码子中，Rattus norvegicus 更偏好哪一个？
哪些密码子可能需要在表达设计前重点检查？

如何使用这个页面

先用摘要卡片快速找到最常用和最高 fraction 的密码子。
需要比较 frequency、fraction 或 count 时，在完整表格中切换排序。
如果要切换物种或搜索密码子/氨基酸，请使用完整的 密码子使用频率表。

常见问题

Rattus norvegicus中最常用的密码子有哪些？

查看“最常用密码子”区域，可以按每 1,000 个密码子的出现频率判断 Rattus norvegicus 中哪些密码子最常见。

Rattus norvegicus的同义密码子偏好怎么看？

查看“最高 fraction 密码子”区域，可以比较编码同一氨基酸的同义密码子中哪一个更常被使用。

codon frequency 和 fraction 有什么区别？

frequency 表示每 1,000 个密码子中的出现次数；fraction 表示该密码子在同一氨基酸的同义密码子集合中所占比例。

这个表可以直接用于密码子优化吗？

这个表适合初步查看密码子偏好，但实际表达设计还应结合宿主、载体、mRNA 结构、基因区域和实验条件综合判断。