Sus scrofa密码子使用频率表
查看 Sus scrofa 的密码子使用频率、每 1,000 个密码子的出现频率、同义密码子 fraction 以及常用密码子偏好。
使用 frequency 查找该物种中最常见的密码子；使用 fraction 比较同一氨基酸家族内的同义密码子偏好。
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These settings control the summary cards and the full codon usage table below.
Top Codons by Frequency
Codons ranked by frequency per 1,000 codons in the selected organism.
CTG
Amino acid: L
Fraction 0.40
Freq 42.8
GAG
Amino acid: E
Fraction 0.62
Freq 37.4
CAG
Amino acid: Q
Fraction 0.75
Freq 31.6
GTG
Amino acid: V
Fraction 0.48
Freq 30.9
GCC
Amino acid: A
Fraction 0.45
Freq 30.7
AAG
Amino acid: K
Fraction 0.60
Freq 30.7
ATC
Amino acid: I
Fraction 0.53
Freq 29.3
GAC
Amino acid: D
Fraction 0.62
Freq 28.5
Top Codons by Fraction
Synonymous codons ranked by fraction. Stop codons and single-codon amino acids are excluded.
CAG
Amino acid: Q
Fraction 0.75
Freq 31.6
CAC
Amino acid: H
Fraction 0.66
Freq 16.1
TAC
Amino acid: Y
Fraction 0.65
Freq 20.5
AAC
Amino acid: N
Fraction 0.63
Freq 24.2
GAG
Amino acid: E
Fraction 0.62
Freq 37.4
GAC
Amino acid: D
Fraction 0.62
Freq 28.5
TTC
Amino acid: F
Fraction 0.62
Freq 27.2
TGC
Amino acid: C
Fraction 0.61
Freq 13.6
Preferred Codons by Amino Acid
One preferred codon per amino acid, ranked by frequency to surface practical defaults.
CTG
Amino acid: L
Fraction 0.40
Freq 42.8
GAG
Amino acid: E
Fraction 0.62
Freq 37.4
CAG
Amino acid: Q
Fraction 0.75
Freq 31.6
GTG
Amino acid: V
Fraction 0.48
Freq 30.9
GCC
Amino acid: A
Fraction 0.45
Freq 30.7
AAG
Amino acid: K
Fraction 0.60
Freq 30.7
ATC
Amino acid: I
Fraction 0.53
Freq 29.3
GAC
Amino acid: D
Fraction 0.62
Freq 28.5
Sus scrofa (Pig): (Genetic code: Standard)
Print-friendly 2-column table in genetic code order. Frequency is shown per 1,000 codons.
| Triplet | Amino acid | Fraction | Frequency/Thousand | Number | Triplet | Amino acid | Fraction | Frequency/Thousand | Number |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
TTT TTC TTA TTG | F F L L | 0.38 0.62 0.06 0.10 | 16.5 27.2 6.7 10.7 | 9,682 15,970 3,904 6,291 | TCT TCC TCA TCG | S S S S | 0.15 0.26 0.15 0.06 | 11.0 18.6 10.9 4.1 | 6,467 10,920 6,395 2,415 |
TAT TAC TAA TAG | Y Y * * | 0.35 0.65 0.13 0.08 | 11.1 20.5 0.7 0.4 | 6,509 12,028 384 250 | TGT TGC TGA TGG | C C * W | 0.39 0.61 0.79 1.00 | 8.8 13.6 4.2 13.8 | 5,189 8,002 2,462 8,101 |
CTT CTC CTA CTG | L L L L | 0.10 0.21 0.13 0.40 | 10.5 22.5 13.6 42.8 | 6,171 13,175 7,968 25,098 | CCT CCC CCA CCG | P P P P | 0.24 0.35 0.27 0.13 | 14.3 20.6 15.9 7.7 | 8,418 12,079 9,337 4,531 |
CAT CAC CAA CAG | H H Q Q | 0.34 0.66 0.25 0.75 | 8.3 16.1 10.6 31.6 | 4,850 9,423 6,208 18,519 | CGT CGC CGA CGG | R R R R | 0.07 0.22 0.12 0.20 | 3.7 10.9 6.1 10.3 | 2,174 6,370 3,607 6,054 |
ATT ATC ATA ATG | I I I M | 0.30 0.53 0.18 1.00 | 16.5 29.3 10.0 21.2 | 9,653 17,201 5,874 12,424 | ACT ACC ACA ACG | T T T T | 0.19 0.41 0.26 0.13 | 10.9 23.2 14.9 7.3 | 6,379 13,626 8,768 4,263 |
AAT AAC AAA AAG | N N K K | 0.37 0.63 0.40 0.60 | 14.2 24.2 20.6 30.7 | 8,328 14,191 12,102 18,000 | AGT AGC AGA AGG | S S R R | 0.12 0.26 0.19 0.20 | 8.2 18.3 9.4 9.9 | 4,802 10,718 5,490 5,805 |
GTT GTC GTA GTG | V V V V | 0.14 0.27 0.12 0.48 | 9.0 17.1 7.4 30.9 | 5,261 10,030 4,343 18,102 | GCT GCC GCA GCG | A A A A | 0.24 0.45 0.20 0.11 | 16.4 30.7 13.9 7.7 | 9,606 18,003 8,161 4,491 |
GAT GAC GAA GAG | D D E E | 0.38 0.62 0.38 0.62 | 17.2 28.5 23.1 37.4 | 10,082 16,733 13,534 21,938 | GGT GGC GGA GGG | G G G G | 0.14 0.36 0.26 0.24 | 9.5 24.7 17.4 16.3 | 5,569 14,478 10,200 9,552 |
Showing 64 entries for Sus scrofa (Pig).
Frequency is measured per 1,000 codons. Fraction compares codons that encode the same amino acid.
这个表适合回答的问题
在 Sus scrofa 中哪些密码子最常用？
同一氨基酸的同义密码子中，Sus scrofa 更偏好哪一个？
哪些密码子可能需要在表达设计前重点检查？
如何使用这个页面
先用摘要卡片快速找到最常用和最高 fraction 的密码子。
需要比较 frequency、fraction 或 count 时，在完整表格中切换排序。
如果要切换物种或搜索密码子/氨基酸，请使用完整的 密码子使用频率表。
常见问题
Sus scrofa中最常用的密码子有哪些？
查看“最常用密码子”区域，可以按每 1,000 个密码子的出现频率判断 Sus scrofa 中哪些密码子最常见。
Sus scrofa的同义密码子偏好怎么看？
查看“最高 fraction 密码子”区域，可以比较编码同一氨基酸的同义密码子中哪一个更常被使用。
codon frequency 和 fraction 有什么区别？
frequency 表示每 1,000 个密码子中的出现次数；fraction 表示该密码子在同一氨基酸的同义密码子集合中所占比例。
这个表可以直接用于密码子优化吗？
这个表适合初步查看密码子偏好，但实际表达设计还应结合宿主、载体、mRNA 结构、基因区域和实验条件综合判断。